本人是刚接触ms的小白，用castep模块去优化一个孤立的有机分子，优化完之后分子中的环状结构发生了变形，请问各位大佬是怎么回事？

有大神能教我一下gold共价对接怎么做吗？如图。我导入蛋白之后可以找到受体上我要对接的原子，但是因为配体是我后来添加的，怎么才能知道要对接的的原子序号呢？求大神解答。

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有大佬会用ms模拟润湿性接触角方面吗

分子动力学模拟粘土矿物与有机物的相互作用，最近看了好多文章都是采用clayFF+CVFF两个力场，但是MS的 forcite和discover都只能调用一个力场，那么如何实现同时应用这两个力场呢。

入门萌新，不是学化学和生物的，想知道做分子模拟需要了解背景知识，比如量子化学，第一性原理，密度泛函，凝聚态这些知识吗。主要是用reaxff和cosmo-rs这些

请问这个地方为什么不显示带隙值啊

forcite castep dmol3，催化，反应

现在还有朋友在用towhee进行分子动力学模拟吗？

请问有大佬知道聚酰胺胺用ms软件怎么模拟嘛？萌新有偿求教

求指导！有偿！！

学习分子动力学的同学越来越多了，最近几年关于第一性原理和分子动力学的文章飞速增长，能够自己掌握计算也是发表顶刊的一大秘诀。本人近年一直在做分子动力学第一性原理，单晶结构解析等当下热点研究领域相关工作，对于一些初入门槛和未入门同学创建一个新的学习群，不定期传些学习资料，有兴趣的可以加下，当然，如果有想要提升自己，或者快速入门的同学也可在群内咨询

【求助】分子模拟的 用autodock进行分子对接 运行autogrid之后就出现了这种错误，显示too many atoms in receptor...。受体已经去了水，grid box也缩小过了，查了很久毫无头绪，请各位大佬指教！感激不尽！🙏

【lammps分子动力学+ReaxFF力场开发应用】 石墨烯、金属材料等拉伸剪切力学性质模拟； 纳米流体模拟及流动性质分析； 热传导及导热系数模拟计算； 多成分体系（金属、合金、高熵合金）的摩擦模拟以及材料切削模拟； 离子辐照对石墨烯、金属、碳化硅的离位损伤模拟。 VMD、OVITO、msi2lmp等有机小分子建模，模型合并及模拟的轨迹文件处理等 金属有机框架（MOFs）储氢和碳捕集模拟，计算密度分布，分子的MSD等性质； 分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体

有好心人可以帮我写一下这个的的建模命令嘛，网上学来的总是少一半原子数量

带案例和一些脚本

教材是陈正隆老师的分子模拟的理论与实践，请问大家有推荐的网课吗

我建了一个加了官能团修饰的石英纳米颗粒，按照文献上的参数赋电荷，怎么弄也不可能电荷为零，这怎么办？

用DPD模拟胶束自组装时，得不到完整的胶束，分成了两半附着在盒子的壁上，请问这是什么原因呀？

MS各大主要模块，操作都没问题，无中介

有大哥dai做耗散动力学的 踢我一下 在线等

LAMMPS--石墨烯、金属材料模拟专题，纳米流体模拟专题，热传导模拟专题，多成分体系模拟专题，金属、半导体材料的辐照模拟，自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型，分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟，ReaxFF力场（碳氢化合物的燃烧，化学机械抛光） 另有 Gaussian--势能面相关，各类光谱计算及绘制，激发态计算，高精度和多尺度计算方法，常见报错及处理方法，流行密度泛函特点及选择，聚集诱导荧光（AIE）和激发态分子内质子转

我想请问一下，已知系统每个粒子的坐标和动量，如何计算系统的压强呢？（我不是问具体软件的语句 而是我想知道计算的原理，谢谢大家。）

我这边还可以提供ms软件、vasp软件相关的教学，代做，代算，一对一，超算，服务器，脚本，以及教学视频等

需要做一个用ms做的交联模型 会的可以私聊我 有偿

急！请问ms导出的data文件是这种 那in文件要按这个设置pair_style吗

AMBER专题讲师：山东省重点高校特聘教授、省优青团队人员，研究团队在《J. Am. Chem. Soc.》、《Phys. Chem. Chem. Phys.》、《Nanoscale》、《J. Chem. Phys.》等国际知名期刊发表SCI论文50余篇。其中以第一作者发表的两篇JACS属于本领域顶级TOP期刊(一区论文，IF: 14.612)h-index为15。主持国家自然科学基金及省部级课题多项。主要从事生物分子量化计算和分子动力学模拟研究，在动力学模拟、量化计算、结合自由能计算等积累了丰富的经验。 原文请看：公众号“科研讨

“LAMMPS分子动力学技术与应用”线上+线下实战 各有关单位: 分子动力学模拟是一种研究分子体系结构与性质的重要方法，已被广泛用于化学化工、生物医药、材料科学与工程、物理等学科领域。传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，可以用来求解解析理论无法求解的问题，模拟实验做起来困难或不可能做的条件，得到更贴近实际体系的结果。LAMMPS分子动力学程序是一款开源而免费的软件，可以模拟成千上万甚至几百

一、LAMMPS基础 1 分子动力学模拟入门理论——掌握lammps的in文件中各命令的意义1.1系综理论1.2主要算法介绍1.3积分步长的选取1.4温度和压力控制1.5周期性边界条件1.6分子动力学模拟流程 二、LAMMPS入门学习 2 LAMMPS入门操作基础2.1 Linux命令入门基础——熟练掌握LAMMPS所用的Linux命令2.2 LAMMPS中一些安装包的介绍——为以后创建自己体系进行选择性安装2.3 LAMMPS的linux版串行和并行及GPU版编译安装——掌握LAMMPS的编译方法，针对自己体系编译可执行文件。2.4 LAMM

这个针对lammps初学的教学链接https://mp.weixin.qq.com/s/0FTvcg-cm0TtsrgglHMLyw 加交流群522960838，备注贴吧

掺杂下材料的拉曼光谱变化情况

年前最后一期，优惠力度大，课程内容丰富，赠送学习视频及二次学习机会 专题课程一：CADD计算机辅助药物设计药物研发专题培训 专题课程二：AIDD人工智能药物虚拟筛选与毒性预测专题 专题课程三：蛋白-分子对接虚拟筛选Amber分子动力学专题 让学员能够掌握计算机辅助药物设计（CADD）在药物研发中的应用，包括三维定量构效关系（3DQSAR）， 分子对接多个软件、多个对接方法、虚拟筛选、分子动力学gromacs、Amber模拟等领域常用软件的操作，熟悉 基

大神们 我想问一下这个沸石模型去哪里找啊，自带的库里没有，或者怎么自己构建呢

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生物分子互作基础 1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2 分子对接研究生物分子相互作用 1.3 蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1. PDB 数据库介绍 1.1 PDB蛋白数据库功能 1.2 PDB蛋白数据可获取资 1.3 PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB 数据库的使用 2.1 靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 2.2 靶点蛋白结构序列下载 2.3 靶点蛋白背景分析及相关数据资源获取途径 2.4 批量下载蛋白晶体结构 蛋白结构分析 1. Pymol 软件介绍 1.1 软件安装及初始

MS软件可合作

这里有以下几个学习知识： 一：CADD药物设计 讲解：pymol，同源建模，autodock分子对接，ZDOCK，sybyl等药物研发专用软件操作 二：基于受体配体的药效团建模--组合筛选 三：薛定谔 四：amber分子动力学 五：gromacs分子动力学 等等内容很多，就不全发贴吧上了，想看原文可以关注“科研讨论圈”公众号 有想学习的+VX18612390781 事先声明不是免费的哦具体内容也可以看公众号了解一下！

建模及结构优化： 基础模型：单分子、相互作用对、晶体、晶面、聚合物等 无定型态模型（Amorphous cell）模型：液体（如各种溶剂、溶液）、固体模型（如沥青、石蜡）、气体的模型 多相界面模型：如晶面+有机物分子（）、各种石墨烯模型等 特定形状模型：如球形、立方体团簇等 各种性质计算和MD，包括： 基于密度泛函（DFT）、第一性原理的计算和结果分析：分子间相互作用、静电式、吸附能、氢键分析、晶面与分子间作用，以及能带、态密度、

第一天 下午 LAMMPS基础入门 第二天 上午 LAMMPS进阶（石墨烯、金属材料模拟专题） 第二天 下午 LAMMPS进阶（纳米流体模拟专题） 第三天 上午 LAMMPS进阶（多成分体系模拟专题） 第三天 下午 有机物无机物混合体系模拟专题（CVFF力场) 第四天 上午 自建分子力场参数文件和金属有机框架材料晶体模型 第四天 下午 分子筛纳米膜分离H2/CO2混合气体模拟 案例操作，SCI论文思路解析，长久的答疑群，后续的问题有稳定的解答渠道。 另有第一性原理理论计算课

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请问如何用MS构建纤维素模型