由于洪泽湖水位不断抬高，最后成了高于地面的“悬湖”，泗州城和明祖陵成了湖中孤岛，因此被淹只是时间问题了。据统计，“蓄清刷黄”政策实行至泗州城永沉水底，平均每7.2年就发生一次淹城事件。

然而沉没的命运不可逆转，康熙十九年的大水冲破了州城东北面石堤，决口70余丈，接着城墙西北角崩塌，大水冲入城中，人民死亡无数，城内外一片汪洋。与此同时，明祖陵也带着它的石人石马一起沉入了滔滔洪水中。史载，州官曾在南城门上办公近2年之久，期待水退后重建城池，而署衙则迁到淮河对岸的盱眙办公，他们守着水下泗州城一直在盱眙等待了97年。