对于伊诺尔对NERV侵入表示怀疑的委员会召开了特别会议，向元渡进行追问。但元渡否定了他们的疑问。NERV总部进行了EVA适格者的机体互换试验。零和初号机的同步没有问题，但是在接下来真治和零号机的试验中，零号机发生了暴走。原因是来自零号机对真治的精神污染。零号机不断殴打着零等人所在的控制室的玻璃。看到这个情景的美莉，不由得怀疑零号机是否要试图杀死零。另一方面，律子确信零号机想要打的一定就是自己。从昏迷中清醒过来的真治注视着天花板。

PS：这上面讲的只是该片的后半段而已，前半段全部都是回忆总集，这里也有提到，但不清楚，所以特别说明。

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加持在京都和联络员接触，他的目的是侦查NERV的附属机关--负责选拔适格者的马尔督克机关的情况。结果发现该机关名下的公司总共有108间，但其中107都是空头公司，这是否意味着适格者的选拔有相当的隐情呢？
第二天，真治和元渡一起去为母亲唯扫墓，明日香为了成全好友光，不情愿地跟陌生男孩约会，而美莉和律子则去参加同事的婚礼。在婚礼结束后，美莉因为喝得大醉，加持送她回家。路上，美莉向加持吐露了自己的心声，自嘲般哭着诉说了自己的虚伪和脆弱。加持用热吻将美莉平静了下来。
第二天，美莉当场逮住了正在进行NERV内部侦查的加持。加持用ID卡打开了最终教条的门，展现在美莉眼前的是巨人LILITH...

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真治在同步率测试中得到了三人中的最好成绩，美莉竖起大拇指称赞他说：“You are NO.1!”
新的使徒出现在第三新东京市上空，受到美莉表扬的真治独断先行，被原本认为是影子的使徒本体吞了进去。
律子经过分析得出了救出初号机的方法：同时向厚度只有千分之一毫米的使徒本体内投放数十颗N2爆雷。这样做不能保证驾驶员的生命，律子告诉美莉现在是以初号机的回收为最优先，驾驶员的生命才是其次。美莉愤怒地给了律子一耳光。
就在爆雷正要投向使徒的时候，初号机从浮在天空的使徒球状影子中冲出。使徒的血四溅，EVA旷野地吼叫着，众目骇然。

东治的妹妹还在住院，每周都去探望妹妹三次的东治，在医院里也是出了名的好哥哥。
NERV接到了一个令人震惊的消息：美国内华达州的NERV支部在进行四号机启动试验时随着四号机的爆炸一起消失了，留下直径达81千米的巨型坑。
于是，在美国开发的三号机的启动试验将在日本松代试验场进行。巨型运输机载着三号机从美国飞向日本，途中经过了一片奇怪的积云。
第四适格者已经被选了出来，铃原东治。加持告诉美莉，根本不存在什么马尔督克机关，幕后操纵一切的就是碇司令。
知道自己将操纵EVA的东治，心情变得沉重，放学后，独自在操场上投篮。

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除了真治和剑介外,其他人都知道了东治被选为第四适格者的事。
光向明日香吐露了自己对东治的感情，明日香大为不解。
三号机启动试验开始了，但刚接通电源，被第十三使徒污染的三号机发生了暴走，零号机和二号机都被三号机打倒在地。见到三号机的真治产生了“这不是EVA吗？”的疑问，拒绝对它进行攻击。
碇元渡下令把初号机改为由DUMMY PLUG控制，初号机开始了恐怖的反击，所有人都目瞪口呆的看着它对三号机的激烈攻击。鲜血洒满了松代试验场。
当真治看到从插入拴中救出来的身负重伤的驾驶员就是东治后，发出了惨叫。

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因为同步率达到400%，真治的实体形态消失在插入拴中。此时的插入拴内部充满了类似原始汤（地球形成初期海洋的成分）的液体物质，构成真治肉体和心灵的东西都在这液体中，因此，只能把它们重新组合，才能把真治接回来。
被塞路尔破坏的本部经过一个月的重修，已经基本恢复了之前的状态。重新
“组建”真治的工作开始了，但EVA拒绝接受控制信号。最后，插入栓的舱门突然自行打开，黄色的液体和真治的驾驶服流了出来，美莉抱着驾驶服哭着向律子要真治。过了一会儿，裸身的真治从插入栓中顺着液体流了出来。
了解真治无事后，美莉投向了床上加持的怀抱，加持把一个胶囊给了她。

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NERV谍报部人员软禁了美莉，他们怀疑加持绑架了副司令冬月耕造。
而此时的冬月出现在SEELE的虚拟会议室里，一座座显示着“SOUND ONLY”的石碑环绕在他周围，是SEELE绑架了冬月以盘问他。
冬月边接受着盘问，边回想起了过去的一切...
“1999年，在大学担任讲师的冬月与他的学生碇唯、以及六分仪元渡（即是后来的碇元渡）的相遇。2000年，第二次冲击爆发，那之后，独自追查第二次冲击真相的冬月和已经成为人工进化研究所所长的元渡相会。碇唯和律子的母亲赤木直子也在那里。当看到研究所地下巨大空间里被称为亚当的巨人之后，冬月大为惊讶。唯在试验中丧生，直子因为掐死小绫波而跳向MAGI自杀，NERV诞生。”
不久，加持救出了冬月，但自己死在不明身份的人枪下。美莉听到加持的留言，知道他已死，泣不成声。

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因为在使徒那里尝到了彻底的败北滋味，以及对真治的嫉妒，明日香的同步率不断下降。对于从小就因为遭遇了亲生母亲自杀事件而发誓要一个人顽强的活下去的明日香来说，失败是无法容忍的事情。
卫星轨道上出现了第十五使徒,美莉命令明日香辅助进攻。这是明日香的自尊所不能容忍的。面对独断先行的明日香，使徒发动了精神攻击。这恰恰是对于现在的她而言，破坏力最大的攻击。当敌人探索他的精神波长，窥探到了她年幼时的心灵创伤的时候，明日香失声痛哭。零号机的全力攻击因为距离太远和使徒的A.T.FIELD的缘故并未奏效。元渡决定使用最后的王牌--隆基诺斯之枪。呼啸着的枪体射出大气层，将使徒的A.T.FIELD轻易击穿，但因为速度过快，它成了月亮的一个人造卫星。
受到自己最讨厌的女人的帮助，明日香的自尊彻底崩溃。