（一）惩处土司头人，分发金川民众。
金川战争结束后，清政府将大金川土司索诺木兄弟、大小头人及其家属共二百五十余人，分批押解赴京。后经刑部审议，索诺木、莎罗奔冈达克等十二名要犯被凌迟处死，索诺木之母阿仓等十九人处以斩刑，其家口中未成年者永远监禁，其余的人均赏给厄鲁特、索伦、三姓及功臣为奴。
战争中投降的两金头人，除一些立功受赏者外，清廷认为均不便仍留住当地。于是清政府将他们及其家属也押解到京。据载，清政府曾把从金川解赴北京的一百八十九名嘉绒藏族，按照回人入旗例编一佑领，归入内务府正白旗，交键锐营大臣管辖，在香山附近令他们建碉居住。
两金川百姓在战争中投降者甚多，三路前后投出共二万多人。阿桂将他们分别赏赐、安插在绰斯甲、革什咱、梭磨、卓克基、从噶克、丹坝、明正、木坪、布拉克底（巴底）、巴旺、鄂克什（沃日）。瓦寺十二土司及杂谷屯练等地方分散统治。对于在此役中自行投降或被拘留送往成都的金川百姓，阿桂奏请分别对待。具体规定是，在乾降三十七年投降及四十年投降而其家室被土司、头人迫害的人，交明亮、桂林等酌量分住在两金川屯垦；凡是乾隆三十八年间投降的人，分给附近土司收管、安插；对于乾隆四十年内因官兵四面围困而投降者，不准留住当地，解京分赏。
这样，两金川旧有之势一去不复返。这次战役后，两金川幸存者，“皆系节次攻剿、歼戮之余，久知大兵利害，已不患其滋事”了。


（二）规定嘉绒各土司定期到京朝觐，以怀柔笼络手段加强对嘉绒各土司的控制。
金川之役后，清高宗规定嘉绒各土司等与蒙古土尔扈特王公、扎萨克、回疆大小伯克等一样，定期进京朝觐。早在乾隆三十九年，高宗即指示阿桂等人：“欲俟两金全定后，令各土司仿照回部伯克之例轮流入觐。使其扩充知识，得见天朝礼法。”乾隆四十一年十二月，第一批嘉绒朝贡者木坪、瓦寺等土司到京朝见清高宗，以后嘉绒各土司轮班到京朝见。这样，一方面让众土司得见“王会辐辏、益生震叠”；另一方面使他们目睹祖国“幅员广阔，人民富饶”，从而“同心向化，倾心归附”。
与此同时，清政府对这次在战争中恭顺、效力的土司大加赏赐，提高他们的职位。金川平定后，阿桂对出力勤劳的十二土司、士舍、头人共七十多名，屯土各弁及两金川投降立功的头目共四十余名，赏以银两。清政府的后五十名功臣图像中，也有不少嘉绒土司和头人。因梭磨土司特别出力，由安抚司升为宣慰司。巴旺、布拉克底因从征小金川有功，清政府以巴底安抚司印信归巴旺掌管，再加赏布拉克底土司宣慰司之职。