真言原文：
　　南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
　　钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
　　阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
　　唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
　　药师灌顶真言注音：
　　nā
mó bó qié fá dì。pí shā shè。jù lǔ bì liú lí。
　　bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō
jiē duō yě。
　　ā là hē dì。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
　　ōng。pí shā
shì。pí shā shì。pí shā shè。sān mó jiē dì suō
hē。
　　发音注解：
　　南谟：读作（nā那 mó摩），或读（ná拿
mó摩）（今人读此音居多），是“南无”的不同音译词。
　　薄：读音为（bó伯）。
　　鞞：有三种读法：（pí皮）、（bǐ比）、（bǐng丙）。这里念（pí皮）比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”；“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”；“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。（见《佛学大辞典》。）
　　窭：读作（jù巨）。
　　薛：读（bì毕）。
　　喇：古读（là辣），见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读（lǎ）（lā）（lá）。
　　喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成（hé合），古音“合”。
　　阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作（hē诃）。
　　啰：各地多读成（là辣），此字与喇通假。
　　阇：读作（shé蛇）。
　　怛（dá答）他（tuō拖）揭多也。
　　怛（dá答）侄（zhí直）他（tuō拖）。
　　唵：读（ōng嗡）或读（ǎn俺）。藏语系佛教读（ōng嗡）音，汉语系佛教多读（ǎn俺）音。
　　三没（mó古音模）揭帝莎（suō通娑）诃。