旗人有一套相对独立的司法系统。
旗人犯罪由特定机关审理。
京师普通旗人由步军统领衙门审理、皇亲国戚由宗人府审理、民事案件则由户部现审处审理；地方官员可以审理当地涉及旗人的案件，但无权判决，只能提出审理意见，交由相应的审判机关——理事厅处理，
理事厅是类似“军地联络办公室”之类的机构，专门负责协调八旗驻军和地方关系，官员也都由旗人担任。
另外，旗人与非旗人同样犯罪，同罪却不同刑。
《大清律例》规定：旗人犯了徒刑，一年只折合枷号五天。
也就是说，非旗人犯了徒刑被判刑一年，同罪的旗人只要关五天就可以了。

太平天国以前，清朝正规军由八旗军和绿营军组成。
满汉蒙八旗共有24支部队。有京师的中央禁卫军和地方驻扎军之分。
地方驻防军中，又以内地和满洲故土驻军最多。
清初内地驻军4.5万人，有防区二十处[32]。绿营军也分驻各地，但人数远多于八旗，
乾隆嘉庆两朝即有六十余万，驻防地也更多。

清代八旗军统帅称都统（满语称固山额真[gusaiejen]），
绿营统帅称提督，以下有总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总及百总等军衔。
水师军衔与绿营一致。

制造 清代武器的制造，有中央和地方两种。清初,工部制造，故《康熙朝大清会典》称：“军器造作，职隶工部”；地方则需督抚提请兵部批准始得制造，并在钱粮报销等方面有种种严格的规定[44]。

绿营兵是参照明朝军卫制度改编和新招的汉兵。以绿旗为标志，以营为建制单位，因而得名。
有马兵(亦称骑兵)、步兵、守兵之分。马兵、步兵亦称战兵。
沿江、海设有水师。绿营兵籍，皆注於册，由兵部管理。“骑兵拔於步战兵，步战兵拔於守兵，守兵拔於余丁，无余丁乃募於民”(《乾隆大清会典》卷六十七)。将官归兵部选任，“凡直省武职副将以上，列名具疏请补，参将以下，按月升选”(同上书卷六十)。绿营仅有极少数驻京师，称巡捕营，隶属八旗步军营统领。其余分屯各省，依所辖地域之大小、远近、险要和人口的多少确定兵额，列汛分营，“以慎巡守，备徵调”。
绿营兵以“镇”为基本单位，作为全国各大镇戍区的基础，设总兵1员，为镇的主将。在总兵之上设有提督，用以节制一省或数省区域内的各镇总兵；又有巡抚，其兼提督者有权节制各镇。在巡抚提督之上，又设总督，用以节制一省或数省区域内的巡抚、提督和总兵，为该区域的最高军事长官。
各镇绿营兵按协、标、营、汛编制。总督、巡抚、提督和总兵，都各有直属亲兵，统称本标，分称总督标、巡抚标、提督标、总兵标。标辖2-5营，分称中、左、右、前、后营，居中镇守，以备徵调。凡副将所属之兵称协，是协守要地的部队，按防守地的重要程度编配数十至千余人规模不等的营，以守备地名命名，由参将、游击、都司、守备分别统领。
次要地区设汛。每汛数人至数十人不等，由千总、把总统带。自提督以下，仅有统兵权，而无调兵权，其军令寄於总督和巡抚，兵权归於中央。遇有征伐，皇帝另简经略、参赞大臣统兵，调集各地绿营出战，事毕即解大臣兵柄。