智能设计论（ID）宣称，宇宙及其居民不可能由达尔文学说中提出的“盲目机遇”进化而来。智能设计论的论证大多与它所认为的进化论中存在的漏洞有关，它认为这些漏洞从科学上证明了自然界中“智能设计师”的存在。
与创世论不同，智能设计论并不宣称上帝是智能设计者，它只是认为在自然界中有明显的证据表明智能设计的存在。智能设计论中的设计者可能是上帝，也可能是地外物种或者是某种超自然的力量。此外，智能设计论也不直接从基督教《圣经》中寻找论据。
但是，尽管智能设计论承认在一个物种内可能会有微小的进化上的改变，但它并不认为一个物种能从另一个物种进化而来，也不承认高度复杂的生物系统可能是自然选择的结果。智能设计论的拥护者表示，他们的目的在于揭露作为主流物种起源理论的达尔文学说中的问题，并从科学与文化中剔除自然主义的影响（自然主义认为我们周围的万物都可以由自然的原因解释）。

尽管目前智能设计运动的政治影响要大于其科学影响，但它还是将自己定义为一场科学运动，并提出了多种论据来支持其主张。智能设计论的科学性是具有很大争议的——科学界并不承认它的方法是科学的，而且其论证也并不总能形成一致的、具有说服力的科学证据来支持其宣称的设计论。相反，它的论证是由几位科学家的工作组成的，而他们都提出各自的理论，以支持自然界中存在智能的、超自然的设计师在发挥作用这一观点。智能设计论科学性的共同线索主要在于其工作的整体结构，这些工作都旨在实现双重目标：反驳达尔文学说以及证明自然界中存在设计。
有些智能设计论的论证同时适用于这两个目标，并且它们大多是相互联系的。但此处为了把握它们的结构，我们将根据它们要达到的最直接目标对其进行分组。在后面几节中，我们将分析智能设计论的一些最著名的主张，这包括：
反驳达尔文学说
不可简化的复杂性
特定的复杂性
信息守恒定律
证明自然界中存在设计
三阶段“解释过滤规则”

智能设计论科学性的主要倡导者
迈克尔·比希（Michael J. Behe）博士
生物化学博士
利哈伊大学生物学教授
发现研究院科学与文化中心高级会员
威廉·登布斯基（William A. Dembski）博士
数学及哲学博士
神学硕士
贝勒大学科学概念基础学（conceptual foundations of science）副研究员
发现研究院科学与文化中心高级会员
乔纳森·韦尔斯（onathan Wells）博士
分子与细胞生物学及宗教研究博士
发现研究院科学与文化中心高级会员

它们具有不可简化的复杂性吗？
不可简化的复杂性主要宣称有些生物结构不可能从更简单的状态进化而来。例如，细胞是由数百个复杂的分子机器构成的。这些机器中缺少任何一个，细胞都无法正常工作。因此，细胞具有不可简化的复杂性：它不可能从更简单的状态进化而来，因为在更简单的状态下无法正常工作，而自然选择只能从那些已经在行使功能的特性中进行选择。
比希举了捕鼠器作为例子。捕鼠器通常具有五个部件：用于支撑整个装置的木质底部、用于击打老鼠的金属锤、用于给锤子提供动力的弹簧、用于释放弹簧的钩子和用于挡住锤子的金属棒。捕鼠器如果缺少了这些部件中的任何一个，都是没有用的。因此，捕鼠器具有不可简化的复杂性。
在生物学中，比希认为细菌的鞭毛就是一个不可简化的复杂系统。
对于不可简化的复杂性，科学界的回应是：尽管自然选择确实只能从已经具有某种功能的特征中进行选择，但这些特征却并非必须实现和它们当前形式相同的功能。当它们因为其当前功能具有优势而被选择时，它们可能还具有其他用途。
在前面捕鼠器的例子中，科学家指出，如果您除去钩子和金属棒，可以得到一个领带夹。如果除去弹簧，则可以得到一个不错的钥匙链。他们还说，科学已经发现构成细菌鞭毛的一组蛋白质被某些细菌用来行使完全不同的功能：它们在细菌细胞膜中充当一种“分子泵”。细菌的鞭毛像推进器一样工作，以使细菌可以到处移动。这一”推进器“包含大约30种不同的蛋白质以使其正常工作——有些充当马达，有些充当定子，还有些充当引导传动轴穿过细菌细胞膜的衬套。缺少这30种蛋白质中的任何一种，整个系统都会停止工作 。
对于不可简化的复杂性，科学界的回应是：尽管自然选择确实只能从已经具有某种功能的特征中进行选择，但这些特征却并非必须实现和它们当前形式相同的功能。当它们因为其当前功能具有优势而被选择时，它们可能还具有其他用途。
在前面捕鼠器的例子中，科学家指出，如果您除去钩子和金属棒，可以得到一个领带夹。如果除去弹簧，则可以得到一个不错的钥匙链。他们还说，科学已经发现构成细菌鞭毛的一组蛋白质被某些细菌用来行使完全不同的功能：它们在细菌细胞膜中充当一种“分子泵”。
生物学家肯尼思·米勒（Kenneth Miller）说：“这里的要点（长期以来的科学研究已经表明）在于，据信不可简化的复杂机器中的各种零部件可能具有不同、但仍然有用的功能……进化过程通过对先前用于其他功能的蛋白质进行复制、修改和组合，制造出复杂的生化机器”

根据登布斯基的观点，生物系统如果表现出特定的复杂性，则它显然是被设计出来的。
科学界认为这一论证具有内在缺陷。科学界指出，登布斯基提出了一个否定性假说：任何不是由偶然性或法则创造出来的东西必然是被设计出来的。但是科学家们认为，偶然性、法则和设计三者并不相互排斥，它们也并不代表所有的可能性。因此，排除法在此处是不适用的。而且他们认为，无论如何，科学都不能接受使用排除法得到的结论作为任何理论的证据。科学方法要求提出肯定性假说——你不能简单地通过反驳其他理论来证明某种理论。
另一种针对登布斯基检测设计论的方法的反对意见认为，该方法似乎需要对于规定模式的先验知识。如果电影《超时空接触》中的射电天文学家们事先不知道控制无线电信号的自然法则，也没有将连续质数识别为数学序列，那么他们永远也无法检测到这一模式。科学家们认为，当我们处理诸如DNA（脱氧核糖核酸）这样的东西时，并没有可以从外部识别的模式存在，因而没有办法检测出某种模式的出现是偶然的还是被“独立赋予”的。登布斯基检测设计的过程预先假定了设计的存在

科学界认为，登布斯基只是重新包装了创世论者的有关进化论违背热力学第二定律的论证。热力学第二定律认为，自然界中存在使复杂度降低的趋势。科学界声称，科学研究早就发现，这一理论的适用范围“仅限于封闭系统，而生物系统并不是封闭的”
威廉·登布斯基：信息守恒定律
信息守恒定律是由威廉·登布斯基创立的，它涉及到一些非常详细并且复杂的数学公式。究其根本，登布斯基的定律称，自然界不能创造新信息（例如DNA中所蕴含的信息）；它只能利用已有的信息。因此，一个更为复杂的、包含了更多信息的物种，不可能从比较简单的物种进化而来。

总之，对于将智能设计论当作科学理论的做法，科学界最强烈的反对意见在于它不是建立在经验或实验证据基础上的。科学家无法验证设计的存在，也无法反驳设计的存在。科学家认为，就其实质而言，智能设计论不是科学论点，而是哲学论点。

智能设计运动已经在美国社会掀起了波澜。智能设计论的拥护者称，他们的理论在科学上是完备的，也并不基于任何宗教信仰，因此应该在公立学校的科学课上将其与进化论一起讲授。科学界认为，智能设计论根本就不是科学，它实际上是一种应该在哲学课而非科学课上讲授的形而上学的理论。
那些反对将智能设计论纳入科学教学范围的人们不仅关心科学界把哪些理论评判为伪科学，还关心智能设计运动的那些领导者们对其追随者说了些什么。发现研究院科学与文化中心（前科学与文化复兴中心）的一份使命宣言中写道：
发现研究院科学与文化复兴中心的目标正是推翻唯物主义及其文化遗产。中心把自然科学、人文科学和社会科学领域的顶尖学者集合在一起，来探索生物学、物理学和认知科学领域的最新进展如何引起对科学唯物主义的严重怀疑，以及如何促使我们以广义的有神论思想重新审视我们对于自然界的理解。
同时，智能设计运动领导者的声明还表达了强烈的宗教诉求。发现研究院的菲利普·约翰逊 (Phillip E. Johnson) 在讲到智能设计运动的目的时说：
目标……是说服人们相信达尔文学说本质上是一种无神论的观点，从而将关于创世论与进化论孰是孰非的辩论转移到关于上帝是否存在的辩论上来 。
在 1999 年 7/8 月的《试金石杂志》中，威廉·登布斯基说：“……智能设计论只是用信息论的语言重新表述了《约翰福音》中的圣言神学。”稍后，在 2005 年，他做出了如下评论：
... 我们应该这样理解智能设计：它是上帝安排于自然界中的证据，这种证据表明客观世界是智能的产物，而不只是无意识的物质力量的结果。除了圣经中记述的、上帝在救恩历史中所做的特殊启示以外，这种证据无处不在。

即使这样，智能设计论还是获得了直接的成果：它摧毁了达尔文进化论的无神论遗产。智能设计论使得无神论者不可能再从理性上感到心满意足。这使智能设计论成为具有令人难以置信的魅力的护教工具，并且向那些认为科学已经将上帝埋葬的人们重新提出了关于上帝是否存在的问题
还有许多普遍流传的说法称，发现研究院的资金来源于基督教原教旨主义组织和个人，其中尤其提到有数百万美元由福音派基督徒、慈善家霍华德·阿曼森 (Howard Ahmanson) 捐献，还有数十万美元由麦克利兰基金会提供 -- 该基金会寻求“通过提供财政和领导资源，来服务于那些献身于拓展基督国度的国际和国家战略组织，以使上帝之国扩展到每一个部落、国家、民族和语言”。发现研究院对此回应说，其研究途径是由董事会而非提供财政支持的人决定的。
所有这些与对于智能设计论论点的科学合法性的质疑一起，已经使很多人相信这场智能设计运动只不过是有人预谋策划的手段，其目的是能够堂而皇之地在公立学校的科学课上讲授创世论对于物种起源的观点——它实际上是一种披着科学外衣的宗教。而智能设计论的拥护者们坚持认为事实并非如此 -- 他们说智能设计论不同于神创论，而且它完全是以科学证据作为基础的。
在18和19世纪，直到达尔文的进化论诞生之前，设计的论证是对于自然界起源的最普遍的观点。
1802年，威廉·佩利（William Paley）的钟表匠比喻将这一观点具体化。其大意如下：如果你在田地中央拾到一块手表，你会注意到它是一个复杂的、具有特定用途的物体。它具有很多个不同的零部件，所有零部件共同工作才能实现报时功能。当你看到这块手表时，你自然会将它推定为设计的产物，而非偶然性的产物。推而广之，当自然界表现出某种符合特定需要的复杂过程时，我们也应该得出同样的结论。
“设计的论证”直到1859年达尔文发表《物种起源》之前一直处于主导地位。随后，生物科学对于达尔文的证据产生了极其热烈的反响，并迅速采纳了进化论作为宇宙和生命进化的主流解释学说。到1940年，全世界几乎所有生物学家都坚信自然选择是进化背后的推动力。

此后，到了1991年，法学教授菲利普·约翰逊用他的畅销书《审判达尔文》有力地发起了智能设计运动。这一运动迅速在美国蓬勃发展。1996 年，总部设在西雅图的智库——发现研究院创办了科学与文化复兴中心（CRSC）。CRSC 最初的使命宣言中有将智能设计论作为一种科学理论加以研究与推广的字眼。
从政治角度讲，智能设计运动在很短的时间内就取得了令人难以置信的进步。在该运动真正开始仅仅8年之后的1999年，堪萨斯州教育委员会就投票决定在该州学校的科学课上不再讲授进化论。这一决定是智能设计论的拥护者们积极游说的结果。2004年，宾夕法尼亚州的多佛学区教育委员会决定要求该地区的所有公立学校在科学课上同时讲授智能设计论与进化论。一年后，一位美国地方法院的法官判决该要求违宪。