在旧剧场版《air/真心为你》中,SEELE的人类补完计划已经展现的比较完整,无论是人类补完计划的目的、补完计划实施的仪式、以及补完计划的结果,都有十分完整的体现。而碇源堂的弑神计划却一直没有说明过,并且在旧剧场版中对碇源堂的阴谋的描写是虎头蛇尾、最后在人类补完计划中潦草收场,可以认为是原作的巨大败笔。庵野认为,在新剧场版中再用大量的篇幅去描述人类补完计划已经没有多少意义,也不会吸引多少观众的眼球,毕竟重复《air/真心为你》中间的剧情的确和炒现饭没有区别,索然无味。因此,在《Q》中直接大跳跃,将《air/真心为你》的情节默认为《破》的后续,当作是观众已知的内容,直接跨越到14年之后的时间点。在这个时间点上,SEELE的人类补完计划已经完成,而碇源堂的弑神计划还没有完成,这可以从《Q》中碇源堂和SEELE石碑的对话中得知一二:
碇源堂:“修改死海文书契约之时已经到了,至此永别,你们虽说改变了灵魂的形态,但终归是被赐予智慧之果的生命体,即便能够渡过一段悠久的时光,到底还是和我们一样无法逃离死亡的宿命 ,为了推动这个背负死亡的种群进化,你们将文明授予了我们,谨代表人类感谢你们,愿你们的灵魂通过死亡抵达天堂,我等夙愿人类补完计划,尔等了然放弃的弑神,都交由我来完成,敬请安心。”
SEELE:“我等夙愿已偿,足够了,一切已经足够了,人类补完,愿灵魂得以安详而宁静的进化。”
在《破》的结尾,我们看到真嗣为了救凌波打开了第三次冲击“GUF的门扉”;在《Q》的剧情中,我们看到的是大家都怨恨真嗣,因为真嗣驾驶EVA引发了第三次冲击导致了大灾难。但事实并不是这样。在《破》结尾对《Q》的预告中,我们看到熏驾驶MARK.06一枪刺中了初号机,结束了第三次冲击的“GUF的门扉”,之后,SEELE攻击NERV本部,沿用《真心为你》中的情节开展人类补完计划,导致第三次冲击的产生和人类的大量死亡。至此人类补完计划完成。 由此可见,在《Q》中人类补完计划已经处于完成,而剩下的就是弑神计划了。