生物吧 关注:405,534贴子:1,728,099
  • 68回复贴,共1

【ABP之头脑风暴第三弹】酵母双杂交的启示

只看楼主收藏回复

楼主想了想,讨论帖需要一个拉风的名字,ABP是楼主ID的缩写,头脑风暴则是楼主从第一贴开始希望能给大家带来的不受约束的思考。这次比较长,请耐心阅读。
进入正题哈,酵母,就是做面包酿酒当中用到的主要菌种,具体百度上面有不少资料。它主要就是两种,S.p和S.c(请原谅楼主只记得缩写),酵母双杂交一般用的是S.c,也就是酿酒酵母,它是什么个感觉呢,就是我们做酵母双杂交实验的时候,培养箱里面总是有一股自然的酒香和肉香~~这种酵母既可以无性繁殖,也可以有性繁殖(AH109+Y187等等)
酵母双杂交是用于鉴定蛋白质相互作用的,有一个LacZ(这个认识吧,乳糖操纵子当中的基因)的转录因子GAL4,GAL4它有两个结构域,BD和AD。BD是结合到DNA序列的结构域,AD是激活转录的结构域,BD和AD是没有相互作用的,当BD和AD同时存在时,LacZ的转录就会被激活
所以人们就设计了,BD和蛋白质1融合,AD和蛋白质2融合,(通过营养缺陷筛选酵母是否表达BD或AD),如果蛋白质1和蛋白质2能相互作用,那么这个蛋白复合体由于同时含有BD和AD,就能激活LacZ的转录,而LacZ是可以通过类似于蓝白斑筛选,其阳性结果是蓝色的。于是乎人们找到了这一种鉴定蛋白质相互作用的办法。(pGBKT7,pGADT7,可百度到这两种图谱)
于是问题来了,
1、热身问题,BD和AD也是通过质粒进入酵母的,你怎么知道酵母表达了融合蛋白呢?
2、很明显,这里会出现假阳性和假阴性的结果,是由哪些原因造成的呢?
3、一般对照用的是,阳性p53-T抗原,阴性Lem-T抗原,但是这只是作用强弱的对照。如果要排除假阳性,需要设计什么样的对照?
4、结合-激活-报告,那么对于荧光蛋白,能不能设计一个方案,让它也能报告相互作用?
这是楼主奉献的周末头脑大餐,请愉快享用~


本楼含有高级字体1楼2013-07-13 15:16回复
    吧唧吧唧→_→真好吃


    IP属地:上海来自Android客户端2楼2013-07-13 15:31
    收起回复
      2025-08-09 18:19:25
      广告
      不感兴趣
      开通SVIP免广告
      周末果然木有人咩


      3楼2013-07-13 18:04
      收起回复
        1、呃。western blot,对么
        2、假阳性:(1)跟BD结合的蛋白具有和AD类似的功能,比如说是个转录因子;(2)跟AD结合的蛋白能和DNA特异性结合(猜的,不清楚是否存在这样的蛋白)(3)培养过程中酵母菌发生突变,使其最后能够自行表达出LacZ(怎么才能突变成这样就不知道了,所以也是猜的)
        假阴性:(1)表达出来的细胞蛋白被运送到细胞核以外的区域(2)融合蛋白具有细胞毒性,酵母细胞死光了(3)引入的蛋白质没有被正确修饰或折叠
        应该还有其他原因,但只能想出这么多了
        3、对两种蛋白分别单独地做检测,看是否出现蓝色菌落(但是我好奇那两个抗原是怎么起到对照作用的,因为完全不了解)
        4、把荧光蛋白拆开成两个不发光但接近就能恢复活性的部分,和要检测相互作用的基因融合表达,如果GFP活性恢复,说明有相互作用,这样就可以通过荧光直接观察……问题在能不能顺利拆开就不知道了
        题目真的好难基本上都是瞎蒙乱猜……


        4楼2013-07-13 19:50
        收起回复
          周末自顶


          5楼2013-07-14 14:05
          回复
            怒顶一记!


            来自Android客户端6楼2013-07-14 15:21
            收起回复
              虽然我果断什么都不会....不过对萌萌的酵母还是很感兴趣的


              IP属地:江苏7楼2013-07-14 15:26
              收起回复
                1可以先southern,确定质粒是否转入,再做western,验证两种蛋白是否表达,2假阴性可能由于未转入质粒或转入质粒有损伤表达出现障碍,可以用1问方法解决,假阳性这个我只能蒙是菌株问题了,但是一般菌株与质粒都是配套的,问题应该不大,如果真是菌株问题,可以选择随机挑选一种质粒导入酵母或者两种都导入但只有一个上构建重组基因,观察是否阳性,4刚开始想的是选荧光蛋白与催灭剂分别与两种蛋白组合,如果蛋白结合则发生催灭,但是这样操作性不是太强,好吧,就造这些了,再多了造不下去了


                IP属地:上海来自Android客户端8楼2013-07-14 15:38
                收起回复
                  2025-08-09 18:13:25
                  广告
                  不感兴趣
                  开通SVIP免广告
                  题目变难了。。。。
                  收获是明白了假阳性和假阴性。。。


                  IP属地:浙江9楼2013-07-14 19:02
                  收起回复
                    1.western blot……我觉得对这个几乎是万能……
                    2.不知道,蒙的话……
                    假阴性可能是因为缺少LacY、LacA结构基因?所得杂合蛋白被酵母分解或排出?杂合蛋白过大导致BD/AD相距过远或无法执行功能?蛋白有毒?
                    假阳性是因为本身的蛋白具有正常的激活转录的功能? 原蛋白质会被再次修饰而修饰后的蛋白质就可以?
                    3.不知道,不过
                    4.有荧光蛋白基因,a、b上携带抗荧光蛋白基因片段。若ab结合则无荧光,若不结合则有荧光


                    10楼2013-07-15 15:59
                    收起回复
                      过几天考生物反应器与发酵工程,楼主可有建议?
                         --不要说我们一无所有,我们要做天下的主人。


                      IP属地:甘肃来自Android客户端11楼2013-07-15 18:14
                      收起回复
                        Sc很常见,Sp是干嘛的


                        来自iPad12楼2013-07-16 01:37
                        收起回复