空之轨迹FC的故事行将结束时，导致全国陷入混乱的幕后黑手——结社渐渐露出了神秘的面纱，约修亚为了不让艾斯蒂尔陷入到更大的麻烦中而选择了离开，执着的艾斯蒂尔一边继续着自我的修行，同时从未放弃寻找这个从小与她一同长大的前结社执行者。最终两人再度相会，但在结社的活动下，利贝尔发生了前所未有的剧变，古代遗物方舟的出现使全国的导力陷入瘫痪，艾斯蒂尔与约修亚和同伴一同乘坐着王室巡洋舰飞上天空，经过一场又一场激烈的战斗后，方舟崩毁，结社的阴谋看似已被摧毁，被结社命名为福音计划的主导者怀斯曼也被凯文神父用盐之桩彻底抹杀。

空之轨迹3RD表面上看是一部外传性质的作品，实际则对系列的延续起到了至关重要的作用，克洛斯贝尔自治州这个地名在本作中被数次提及，在漫天飞舞的黑历史中与温暖却有些伤感的结局后，空轨三部曲正式画上了休止符。

空轨三部曲结束后，轨迹系列的舞台正式转移到了克洛斯贝尔自治州。克洛斯贝尔被称为塞姆利亚大陆的魔都，与空轨田园般的气氛相比，克州显然要压抑不少。这里从很久以前便是埃雷波尼亚帝国与卡尔瓦德共和国的纷争之地，克州的人们也在两大国的夹缝中艰难生存，一群年轻人共同加入了为改变这个现状的特别任务支援科，做着微小却不可被忽视的努力。

碧之轨迹的故事紧跟零之轨迹，特别任务支援科的成员在历经艰难险阻后终于得到了人们的认可，但随之而来的却是更大的乱子，空轨中大为活跃的结社出现在了克洛斯贝尔，给成员们带来的，不仅仅只有困扰。前作中频频帮助主角的人在本作中集体黑化，虽然手段各不相同，但其最终目的和特务支援科成立的初衷却是相同的。每个人的心中，自己都是正义的，只不过，当正义选择了正义为对手，落败的一方会是什么呢？
轨迹系列自开始以来的最高潮一作，帝国，共和国，星杯骑士团，结社，赤色星座猎兵团，传奇杀手共同在克州的土地上展开了前所未有的乱斗……