如果说多摄入糖可以依靠运动解决的话，下一个问题就值得警惕了。由于“水果酵素”采用自然发酵，那么在发酵过程中菌落的构成受起始条件影响很大。在自然界中，水果表面的微生物组成是十分多样的。而除了发酵需要的酵母菌或乳酸菌外，还有其他包括致病菌在内的微生物在蠢蠢欲动。一旦在制作的过程中稍有不慎，使得发酵过程中杂菌“占山为王”，那么这样生产出的“水果酵素”非但不能起到保健作用，还对健康造成威胁。

在杂菌污染中最需要注意的是霉菌污染。一些霉菌，包括多种青霉、曲霉在内的霉菌，可以产生称作展青霉素（又称作棒曲霉素）的物质。展青霉素在动物实验中表现出神经毒性、胚胎毒性和一定致癌性，并且会对动物免疫系统具有抑制作用。虽然对于人体的危害尚无明确结论，但暂定的每日最大摄入量为0.4微克/千克体重，换句话说，一名70公斤的成人每天不应摄入多于28微克展青霉素。然而对于被霉菌污染的水果制品（尤其是苹果）来说，其展青霉素含量可达每克1微克，按照“水果酵素”中果、水3:10的比例计算，每天饮用100毫升就已经接近甚至超过暂定每日最大摄入量了。所以，要是看到自己做的“水果酵素”长起了毛，那还是赶快扔掉为好吧！

此外，即使是没有霉变的“水果酵素”，其中也不乏对人体健康无益甚至有害的物质。亚硝酸盐就是“水果酵素”发酵过程中产生一种不容小觑的有害物质。由于采用自然发酵，菌种不易控制，因此相较于接种发酵，会产生更多的亚硝酸盐。在乳酸菌发酵过程中，亚硝酸盐呈先上升再下降的变化趋势，浓度峰值在1周左右时达到顶峰，随后下降。而一周左右是网上一些“水果酵素”推荐的饮用时间。虽然随着存放时间的延长，亚硝酸盐含量会下降，但增加的发酵时间则会增加其他物质的产生。水果含有大量的果胶，而果胶经过微生物发酵作用的一大产物就是甲醇。在酵母发酵过程中，甲醇含量可以达到近20毫克每毫升，在酒味没有那么重的“水果酵素”中，甲醇含量也能达到每毫升数毫克的水平。而在乳酸发酵过程中还会有丁酸的产生——泡菜以及“水果酵素”中那种特殊的腥臭味，就来自于产生的丁酸。

在工业生产泡菜、腌菜过程中，通过对菌种的选择和生产条件的控制，可以尽可能的降低这些对人体无益甚至有害物质的产生，而对于自制的“水果酵素”、以及泡菜、腌菜等，由于无法控制菌种和生产条件，因此不可避免的产生这些不受人们欢迎的物质。尽管这些物质的含量还不至于一顿就让人得病的水平（杂菌污染除外），但为了追求不靠谱的“保健”效果而饮用“水果酵素”，从而增加实实在在的健康风险，这实在得不偿失。在提倡少吃泡菜和腌菜的今天，反而追捧换汤不换药的“水果酵素”，这无疑是一种讽刺。

“水果酵素”本质就是一种自然发酵制品，无论从原理还是实际成分来说都无法达到“水果酵素”所宣称的种种神奇功效。同时，由于自然发酵不易控制，容易造成杂菌污染产生毒素，以及生成其他有害物质。饮用这样的“水果酵素”，反而会增加健康风险。若真想从水果中获得有益的成分，那么直接吃掉是最直接有效的方式。