1.对公众意见的处理
任何人对不符合专利法规定的发明专利申请向专利局提出的意见，应当存入该申请文档中供审查员在实质审查时考虑。如果公众的意见是在审查员发出授予专利权的通知之后收到的，就不必考虑。专利局对公众意见的处理情况，不必通知提出意见的公众。
2.第一次审查意见通知书的答复期限
在审查意见通知书中，审查员应当指定答复期限。该期限由审查员考虑与申请有关的因素后确定。这些因素包括：审查意见的数量和性质；申请可能进行修改的工作量和复杂程度等。答复第一次审查意见通知书的期限为四个月。
3.继续审查
在申请人答复第一次审查意见通知书之后，审查员应当对申请继续进行审查，考虑申请人陈述的意见和／或对申请文件作出的修改。审查员应当在审查程序的各阶段，使用相同的审查标准。
3.再次审查意见通知书
3.1再次发出审查意见通知书的情况
出现下列情况之一时，审查员应当再次发出审查意见通知书：
(1)审查员发现与申请的主题更加相关的对比文件，需要对权利要求进行重新评价；
(2)在前一阶段的审查中，审查员未对某项或某几项权利要求提出审查意见，经继续审查后，发现其中有不符合专利法及其实施细则规定的情况；
(3)经申请人陈述意见和／或进行修改之后，审查员认为有必要提出新的审查意见；
(4)修改后的申请有可能被授予专利权，但仍存在不符合专利法及其实施细则规定的缺陷，这些缺陷可能是修改后出现的新缺陷、审查员新发现的缺陷以及已经通知过申请人但仍未完全消除的缺陷；
(5)审查员拟驳回申请，但在此前的审查意见通知书中未向申请人明确指出驳回所依据的事实、理由或证据。
为了加快审查程序，再次审查意见通知书应当将对申请审查的结论明确告知申请人。再次审查意见通知书指定的答复期限为两个月。
4.答　复
对专利局发出的审查意见通知书，申请人应当在通知书指定的期限内作出答复。
申请人的答复可以仅仅是意见陈述书，也可以进一步包括经修改的申请文件(替换页和／或补正书)。申请人在其答复中对审查意见通知书中的审查意见提出反对意见或者对申请文件进行修改时，应当在其意见陈述书中详细陈述其具体意见，或者对修改内容是否符合相关规定以及如何克服原申请文件存在的缺陷予以说明。例如当申请人在修改后的权利要求中引入新的技术特征以克服审查意见通知书中指出的该权利要求不具有创造性的缺陷时，应当在其意见陈述书中具体指出该技术特征可以从说明书的哪些部分得到，并说明修改后的权利要求具有创造性的理由。
申请人可以请求专利局延长指定的答复期限。但是，延长期限的请求应当在期限届满前提出。有关延长期限请求的处理适用本指南第五部分第七章第4节的规定。专利局收到申请人的答复之后即可以开始后续的审查程序，如果后续审查程序的通知书或者决定已经发出，对于此后在原答复期限内申请人再次提交的答复，审查员不予考虑。