在可接受的低死亡率和低致残率的前提下，手术全切除肿瘤是治疗颅咽管瘤的最佳选择，全切除后大部分病人可达痊愈。手术效果与以下条件有关：①肿瘤的大小；②肿瘤的性状是囊性还是实性；③肿瘤与周围结构的关系及粘连程度；④手术医师的显微操作技术和手术经验；⑤病人的一般状况等。根据肿瘤的位置、扩展方向、质地以及与邻近结构尤其是下丘脑、第三脑室、视路、垂体柄、大脑动脉环、脑干等的关系，选择适当入路。
（1）翼点入路：适合位于视交叉下后方，以及向一侧鞍旁发展的颅咽管瘤。手术一般选择非优势半球侧或肿瘤偏向明显侧入路，过程如下：
病人仰卧，肩部垫高30°，头偏向对侧20°~30°，头顶下垂10°，头架固定头部，让手术平面呈水平位。头皮切口从耳屏前1cm开始，由颧弓中点垂直向上5cm，沿发际内弧形向内止于中线。切开并游离帽状腱膜1~2cm，切开颞肌筋膜、颞肌和骨膜，分离骨膜，暴露眶上缘、额骨颧突、颧弓和颞骨嵴。在额骨颧突后方分离颞肌前1/5及其筋膜，使之与其余颞肌分开，向外牵开颞肌，避免损伤面神经的颧支。做菱形游离骨瓣。咬除或磨除蝶骨嵴，以蝶骨嵴为基底弧形切开硬脑膜并四周悬吊。在外侧裂静脉的上缘打开外侧裂，缓慢吸除脑脊液，使脑组织塌陷以有利于脑的牵开，如有脑积水而术前未处理者，可于术中穿刺脑室放出脑脊液。从鞍区四个解剖间隙分离肿瘤，先行囊液吸除或囊内取瘤，然后分块切除瘤壁，直至肿瘤全切。
（2）胼胝体-透明隔-穹隆间入路：适合由鞍区突入第三脑室前部，并阻塞室间孔引起脑积水的颅咽管瘤。手术过程如下：
病人仰卧位，右额发际内“马蹄形”切口，后界在冠状缝后1cm，内侧在中线向前5~6cm。骨瓣后界在冠状缝上，内侧尽量靠近矢状窦边缘。弧形剪开硬脑膜，翻向中线。头抬高20°，显微镜前倾20°，在冠状缝与其前2cm之间垂直沿纵裂向双外耳道连线方向分离达胼胝体体部。首先找到双侧胼周动脉，中间白色的为胼胝体。以中央前沟为后界向前纵形切开2cm达透明隔。分离透明隔间腔达穹隆间。在室间孔上方纵形切开穹隆间进入第三脑室便可看到肿瘤。此时用0.5cm脑板置入第三脑室，牵开右侧穹隆、丘脑、透明隔及右侧大脑半球。囊性肿瘤先穿刺缓慢放液，实性肿瘤也要先瘤内切除，然后提起瘤壁，同时用小棉片将双侧丘脑向外推开，提起后壁便可看到导水管上口，用小棉片堵住上口，分块切除瘤壁。瘤壁与第三脑室侧壁间有黄色的胶质增生层，沿此层分离，电凝时在瘤壁侧，与下丘脑粘连紧密的肿瘤不可勉强切除。
（3）额部纵裂入路：适合位于鞍上、鞍后，但未进入第三脑室、无明显脑积水的颅咽管瘤。手术过程如下：
病人仰卧，冠状切口，右额开颅，骨窗内侧到中线，前后长5~6cm。弧形剪开硬脑膜，翻向中线，沿纵裂首先从颅前窝找到鸡冠，向后分离达鞍上池，撕开蛛网膜，吸除脑脊液，置自动脑板轻轻牵开右侧额叶，再向后可看到胼胝体膝部，向下可看到肿瘤、双侧视神经和前交通动脉。首先行肿瘤的囊内切除，再切除瘤壁。如肿瘤位于视交叉后下方，囊性肿瘤可轻轻向前剥离；如为实性肿瘤，可切开终板，切除肿瘤。
（4）额下入路：适合位于鞍内、鞍上视交叉前的颅咽管瘤。手术过程如下：
病人仰卧，发际内冠状切口，右额开颅，骨窗前方达眉弓，尽量靠近颅前窝底。弧形剪开硬脑膜，首先缓慢放出外侧裂的脑脊液，待脑组织塌陷后再抬起额叶底部，向鞍内探查，找到右侧视神经，便可看到肿瘤。肿瘤暴露后用自动脑板牵开额叶，力度要适中。肿瘤多从两侧视神经间隙向前上凸出，先穿刺抽出囊液，再切开囊壁，切除瘤内组织后再小心分离瘤壁，分离过程中要仔细辨认垂体柄，尽量保留。
（5）颞下经小脑幕入路：适合位于脚间池、斜坡、脑桥小脑三角的颅咽管瘤。手术过程如下：
病人侧卧位，以耳尖为中心做颞部“马蹄形”切口，皮瓣连同骨膜翻向下方。做颞部游离骨瓣。在下吻合静脉的前方抬起颞叶，缓慢放出脑脊液，等待脑张力下降后继续牵开颞叶底面，直到显露出小脑幕缘。在岩静脉窦的后方约1cm处切开小脑幕。可见基底池和斜坡处的肿瘤。先穿刺抽出肿瘤囊液，再小心分离并分块切除肿瘤囊壁。一般肿瘤囊壁与周围的血管和神经轻度粘连，容易分离。最后调整头位和显微镜的角度，显露并切除鞍背处的瘤体。
（6）经蝶入路：适合局限于鞍内和向蝶窦内生长的颅咽管瘤。经单鼻孔入路手术过程如下：
头后仰10°。鼻腔用肾上腺素棉条收敛黏膜。选择病灶偏向的对侧鼻孔，如果病灶居中，选择术者习惯的一侧鼻孔入路。在显微镜下将撑开器经一侧鼻孔直接插到蝶窦前壁，轻轻撑开，纵行切开蝶窦前壁黏膜，离断筛骨垂直板，并向两侧推开黏膜，调整撑开器显露蝶窦前壁骨质。用磨钻或骨凿、咬骨钳切除蝶窦前壁，切除蝶窦内骨性分隔，尽可能地剥除蝶窦内黏膜。仔细辨认鞍底，切除鞍底骨，骨窗大小视鞍底扩大程度而定，一般直径1~1.5cm。用注射器试穿鞍内排除动脉瘤，“十”字切开鞍底硬脑膜。应用不同角度的刮匙，先刮两侧再刮后部，最后刮除前部及中央的肿瘤。先瘤内切除，然后将瘤壁自鞍底硬脑膜和海绵窦内侧的硬脑膜上分离下来，但应保持蛛网膜完好。鞍内填塞明胶海绵或其他止血材料少许。如果术中发现蛛网膜破裂，可用身体其他部位的筋膜堵塞瘘口，并用生物胶封闭。取出撑开器，通过对侧鼻孔将鼻中隔黏膜及软骨复位，在鼻中隔中后部填入少量凡士林纱条，再将术侧鼻中隔黏膜复位，用少量凡士林纱条填塞支撑。
（7）分期联合入路：主要有胼胝体-纵裂联合入路和胼胝体-翼点联合入路，适用于鞍区突入第三脑室内的巨大实性肿瘤。首先采用胼胝体-透明隔-穹隆间入路切除第三脑室内的大部分肿瘤，解除颅内高压。如果残余肿瘤位于鞍上颅前窝，3个月至半年再行前额纵裂入路切除肿瘤。如果残余肿瘤位于鞍后或鞍旁，3个月至半年再行翼点入路切除肿瘤。
北京三博脑科医院颅咽管瘤专业组石祥恩教授从1995年开始研究颅咽管瘤的手术治疗。手术切除颅咽管瘤近550余例，肿瘤全切除率95％以上，其论文"手术切除颅咽管瘤309例经验"2008年在欧洲"神经外科杂志发表；2011年，在"美国神经外科杂志"评价全球7位100例以上手术切除颅咽管瘤研究报告中，被认为是手术例数、肿瘤全切除率和手术效果最好的医生。