我们要多谢肠道内的微生物，正是它们使得黑巧克力对我们的健康更有益处。一项新的研究指出，我们肠道内的益生菌能够利用可可粉中含有的抗氧化物质和纤维素进行发酵。
在我们肠道深处，微生物能够通过发酵作用产生抗炎症的化合物，这些物质为人们带来了诸多好处，而预防心血管疾病就是其中之一。可可粉还可以带来其他好处——包括提高血管功能、提高胰岛素敏感度。
可可粉被证明可以提高胰岛素敏感度，这可能是由于可可粉中的抗氧化物——多酚类化合物的的作用，即使对于未患糖尿病的人群也是如此。但是，“巧克力不应作为药物的替代品”。食用巧克力对于那些可能会面临心血管疾病的风险但又并未患病的群体最为有益。如果心血管功能受损严重，巧克力也不会带来多大好处。同时，那些十分健康的人群也许从黑巧克力上得到的好处也不会太多。科学家仅仅建议人们将黑巧克力作为一种预防疾病的营养补充——或者预防性的小吃。
不是所有的巧克力都一样。黑巧克力之所以具有诸多好处，在于它比起牛奶巧克力来说具有相对较低的含糖量和脂肪量。 “可可粉含量越高的巧克力越有益”，虽然还没有人知道理想的用量。但对于纯可可粉，适量摄取也能避免体重增长。

不同品牌的巧克力会对可可粉进行不同的加工。不同生产方式得到的可可粉会存在一些轻微的区别。有研究者选用了三种可可粉，分别分类为：轻微处理、适度处理和“粗暴”处理三组，最终结果表明经过温和处理生产的可可粉能够产生最多的有益化合物。并且，由于生产过程的区别，有些品牌的黑巧克力，多酚类的化合物的含量会相对较少。
高含量的多酚类化合物对于肠道本身也是有益的。“食用可可粉能够刺激肠道内有益菌群的繁殖”。这些菌落能够降解可可粉中无法被消化的纤维，生成能够被吸收和利用的短链脂肪酸，比如乙酸、丙酸和丁酸。