EOS-1D Mark III采用E-TTL II自动闪光系统，这是佳能E-TTL自动闪光系统的更新发展，它提供了评价闪光测光和全新的平均闪光测光。平均闪光测光采用了新算法，对距离相机相同的所有被摄体，不管色彩如何都进行测光，并进行准确适当的加权平均，从而获得更稳定精确的闪光曝光控制。这是针对EOS用户反馈的一项重要改进。即使被摄体改变位置、存在反光现象或改变大小，这种测光的稳定性都有助于避免曝光不足或曝光过度的发生。在E-TTL II自动闪光系统中，镜头距离信息也计入在内，使闪光稳定性更加出色，即便是构图中有镜子、白色瓷器或其它强反光物体，闪光系统也稳定精确。