然而首藤刚志并没有打算把世界观局限于纸张之上，精灵是什么？精灵是人类无法理解的不可思议生物，在口袋妖怪早期的剧场版中，超梦的逆袭是对自我存在的提问，洛奇亚的爆诞是对自我和自我间共存的追求。而关于首藤刚志真正剧场版的第三作，其实并没有打算讲述结晶塔的故事，当初真正想设置的剧情是这样的：故事从一具霸王龙的化石出土开始，霸王龙不由分说是地球上实际存在的恐龙，口袋妖怪中也有化石精灵，那么实际的恐龙化石呢？在只有精灵与人类的架空世界中，出现了实际存在的恐龙化石，会引起（口袋生物学）多大的骚动。 他们注意到一个重大的事实，达尔文的进化论，进化论讲述了人与动物的进化过程，可是口袋世界里只有人类与精灵，实际的动物并不存在，翻阅古代文献，可以发现这个世界上曾经存在过实际的动物，但现在却不存在，他们只生活在文献中，人类的记忆里没有他们，精灵诞生的年代没有定论，进化论不适用他们，尽管如此，新品种的精灵依旧无止境的被人们发现。过去许多研究精灵的学者，达到一定境界后都不约而同中止研究回到故乡，不在发表研究成果，大木博士也不例外。为什么会这样？动物从人们的记忆中消失得一干二净，尽管他们仍完好保留在文献中，甚至照片都有，难道这个世界存在的本身就隐藏着巨大的秘密？人们通过霸王龙化石的发掘，开始认真思考自己生存的世界究竟是什么？还没等他们想通，霸王龙化石已经复活，朝着某个方向笔直前进，所过之处一片狼藉，大木博士的研究所被踏成废墟。博士说：“我知道这一刻终究会来临，虽然我并不明白为何会如此发......”精灵和人类都想把霸王龙给停下，甚至反派角色也加入了帮助，追赶着前行的化石试图阻挡的小智一行以及火箭队三人组，不分敌我，为了阻止霸王龙的化石使出浑身解数。终于到最后，霸王龙的化石停了下来，在他停下的地方......故事戛然而止......动物究竟是什么？人类究竟是什么？去思考他们的区别与相似，答案并不难找。首藤为了这个脚本足足构想了半年，他想了许多理由来应付诸如“这么复杂的东西拿出来破坏世界观怎么办”之类的反论。可出乎他预料，阻止霸王龙化石前行的并非有关世界观的责难，而是制片人简简单单的一句“让无机质物动起来的电影不卖座”霸王龙的化石最终未能登上银幕，取而代之的是大家熟知的《结晶塔的帝王》