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古籍类
《明史》：张廷玉撰，中华书局点校本。
《明史稿》：王鸿绪撰，敬慎堂刊本。
《清史稿》：赵尔巽撰，中华书局点校本。
《台湾文献丛刊》：周宪文撰，沉思曲整理本。根据我初步整理出来的涉及残明时期历史的文献有：
001台湾割据志作者：川口长孺，
004台海使槎录作者：黄叔璥，
005台湾郑氏纪事作者：川口长孺，
009蠡测汇钞作者：邓传安、沉太仆，
011闽海纪要作者：夏琳，
013靖海纪事作者：施琅，
015台湾郑氏始末作者：沉云，
018台湾志略作者：李元春，
022海纪辑要作者：夏琳，
023闽海纪略，
024海上见闻录作者：阮旻锡，
025赐姓始末作者：黄宗羲，
032从征实录作者：杨英，
035靖海志作者：彭孙贻，
036台湾纪事作者：吴子光，
044裨海记游作者：郁永河，
060台湾外记作者：江日升，
065台湾府志作者：高拱干，
066重修台湾府志（十卷）作者：周元文，
067郑成功传作者：郑亦邹、匪石、朱希祖，
068清一统志台湾府，
069郑氏关系文书作者：斋藤正谦，
074重修福建台湾府志作者：刘良璧，
076南天痕作者：西亭凌雪，
080金门志作者：林焜熿，
082内自讼斋文选作者：周凯，
084褔建通志台湾府，
085南明野史作者：三余氏，
086所知录作者：钱澄之，
094剑花室诗集作者：连横，
095厦门志作者：周凯，
096东南纪事作者：邵廷采，
098平闽纪作者：杨捷，
099海东逸史作者：翁洲老民，
103台湾县志作者：陈文达，
104澎溯台湾纪略作者：杜臻、周于仁、胡格、林谦光，
105重修台湾府志作者：范咸，
106明季三朝野史作者：顾炎武、汪光复，
109澎湖纪略作者：胡建伟，
111思文大纪，
112明季遗闻作者：邹漪，
113重修台湾县志作者：王必昌，
114绩补明纪编年作者：王汝南，
115澎湖绩编作者：蒋镛，
118鲁春秋作者：查继佐、张煌言，
120台湾通纪作者：陈衍，
121续修台湾府作者：余文仪，
122使署闲情作者：六十七，
123徐暗公先生年谱作者：陈乃干、陈洙、徐孚远，
126清朝柔远记选录作者：王之春，
127鹿樵纪闻作者：梅村野史，
128台湾通史作者：连横、连震东，
130台湾通志，
132南疆绎史作者：李瑶、杨凤苞，
133续明纪事本末作者：倪在田，
134小腆纪年作者：徐鼒，
135海外恸哭记作者：黄宗羲、黄厔炳，
136罪惟录选辑作者：查继佐，
137黄漳浦文选作者：黄道周、庄起俦，
138小腆纪传作者：徐鼒、徐承礼，
140续修台湾县志作者：谢金銮，
142张苍水诗文集作者：张煌言、全祖望、赵之谦，
144陶村诗稿作者：陈肇兴，
146重修凤山县志作者：王瑛曾、
148明季南略作者：计六奇，
149三藩纪事本末作者：杨陆荣，
157郑氏史料初编，
158清世祖实录选辑，
163东山国语作者：查继佐、沉起、张涛、翁广平，
164澎湖厅志作者：林豪，
165清圣祖实录选辑，
168郑氏史料续辑，
169南明史料，
170栎社沿革志略作者：傅锡祺，
174清代官书记明台湾郑氏亡事，
175郑氏史料三编，
177爝火录作者：李天根，
182朱舜水文选作者：朱之瑜，
183圣安本纪作者：顾炎武，
194清先正事略选作者：李元度，
195福建通志列传选作者：陈衍，
208雅堂文集作者：连横，
209野史无文作者：郑达，
213海滨大事记作者：林绳武、魏源、杨廷理、赵翼，
214清稗类钞选录作者：徐珂，
216台湾舆地汇钞作者：季麒光、徐怀祖、鲁之裕、吴桭臣、陈云程、邝其照、洪亮吉、许鸿盘、施鸿保、周懋琦、卞宝第、龚柴、马冠群、刘锦藻、黄清渊，
217鲒埼亭集选辑作者：全祖望、顾炎武、黄宗羲，
218台湾南部碑文集成，
219广阳杂记选作者：刘献廷、王士禛、钮琇，
220碑传选集，
221清史讲义选录作者：汪荣宝，
223续碑传选集，
224台湾诗荟杂文钞，
225藏山阁集选辑作者：钱秉镫，
230清耆献类征选编，
232漳州府志选录，
233泉州府志选录[清]黄任、郭赓武、章倬标等纂修，
234行在阳秋，
235幸存录作者：夏允彝、夏完淳，
238东明闻见录作者：华复蠡、江之春，
239闽事纪略作者：华廷献、瞿共美、范康生，
240青磷屑作者：应廷吉，
241吴耿尚孔四王全传作者：计六奇、章学诚，
242江南闻见录作者：王秀楚、朱子素、沉涛，
243清史稿台湾资料集辑，
244明亡述略作者：锁绿山人、李之芳，
245岛噫诗作者：卢若腾，
246江阴城守纪作者：韩菼、许重熙、戴田有，
248庭闻录作者：刘键，
249遇变纪略作者：聋道人、钱邦芑、程正揆、陈洪范、李清，
251风倒梧桐记作者：何是非、瞿元锡、戴田有，
252两粤梦游记作者：马光、徐世溥，
254研堂见闻杂记，
256清奏疏选汇，
258江上孤忠录作者：赵曦明、祝纯嘏、朱子素、陈贞慧，
259东林与复社作者：蒋平阶、吴伟业、陆世仪、黄宗羲，
260闽中纪略作者：许旭、洪若皋，
261洪承畴章奏文册汇辑，
262东华录选辑，
263烈皇小识作者：文秉，
264甲申传信录作者：钱■〈甹只〉，
266弘光实录钞作者：文震亭，
267西南纪事作者：邵廷采，
268浙东纪略作者：徐芳烈，
269蜀碧作者：彭遵泗，
271客滇述作者：顾山贞，
274清史列传选，
275明季北略作者：计六奇，
279甲乙日历作者：祁彪佳、王思任，
280台湾诗钞，
281通鉴辑览明季编年，
282石匮书后集作者：张岱，
284平定三逆方略，
286雪交亭正气录作者：高宇泰，
291钦定胜朝殉节诸臣录，
301偏安排日事迹，
302岭海焚余作者：金堡，
305蕲黄四十八寨纪事作者：王葆心，
307明史选辑，
309台湾关系文献集零作者：孙承泽、张麟白、郑经、郑克塽、叶舒颖、萧奭、陈宏谋、汤彝、刘鸿翱、夏燮、陈璞、岑毓英、陈衍、唐赞衮，
310台湾府志作者：蒋毓英。
不知尚有错漏之处否？
《中国野史集成》：中国野史集成编委会、四川大学图书馆撰，巴蜀书社影印本。根据我初步整理出来的涉及残明时期历史的文献有：
第15、16、17册
罪惟录；
第17册
东山国语；
第28册
崇祯遗录、刘公旦先生死义记、延绥镇志李自成传、怀陵流寇始终录、甲申剩事；
第29册
绥寇纪略、平寇志、虎口余生记、历年城守记、伪官据城记、淮城纪事、荒书、蜀难叙略、蜀碧、蜀警录、蜀龟鉴；
第30册
滟滪囊、明末清初雅安受害记、客滇述、孑遗录、甲申纪事、再生记略、遇变纪略、崇祯甲申燕都纪变实录、甲申三月忠逆诸臣纪事、国变难臣钞、甲申传信录、沧州纪事、馘闯小史、甲乙事案；
第31册
过江七事、鹿樵纪闻、幸存录、续幸存录、汰存录；
第32册
三垣笔记、明季实录、明季遗闻、行朝录、隆武纪年、赣州失事纪、绍武争立纪、鲁纪年、舟山兴废、日本乞师纪、四明山寨纪、永历纪年、沙定洲纪乱、滇考、赐姓始末、郑成功传、海外恸哭记、东南纪事、西南纪事、所知录、圣安本纪、弘光实录钞；
第33册
金陵野钞、福王登极实录、金陵纪略、懿安事略、弘光朝伪东宫伪后及党祸纪略、使臣碧血、北使纪略、扬州变略、扬州十日记、弘光乙酉扬州城守纪略、京口变略、维扬殉节纪略、浔阳记事、青磷屑、满清入关暴政之一之二之三、江南闻见录、江阴城守纪、江阴守城记、江上孤忠录、江上遗闻、平吴事略、嘉定县乙酉纪事、孤忠后录、临安旬制纪、海东逸史、鲁春秋、浙东纪略、甲行日注、仿指南录、闽游月记、航懈遗闻、风倒梧桐记、江变纪略、两粤梦游记、粤中偶纪、入长沙记、四合王传、明亡述略、永历纪事、攻渝诸将小传、圣安纪事、北征纪略；
第34册
粤游见闻、东明闻见录、粤行纪事、两广纪略、天南纪事、北征得失纪略、前车野语、安南供役纪事、余生录、思文大纪、隆武遗事、湖西遗事、虔台节略、永历实录、劫灰录、见闻随笔、庚寅始安事略、行在阳秋、残明纪事、安龙逸史、三湘从事录、安龙纪事、杨监笔记、也是录、求野录、台湾外纪、海寇记；
第35册
南明野史、南疆绎史·摭遗·恤谧考、皇明末造录、梅花岭遗事；
第36册
明季北略、明季南略；第37册天香阁随笔、书事七则、謏闻续笔、纤言、秋镫录、研堂见闻杂记、后鉴录；
第39册
牧斋遗事、钱氏家变录、顺治镇江防御海寇记、丁酉北闱大狱记略、辛丑纪闻、哭庙记略、庄氏史案、秋思草堂遗集老父云游始末?尊前话旧、书湖州庄氏史狱、范氏记私史事、红花铺、康雍乾间文字之狱、记桐城方戴两家书案一、吴逆取亡录、桂藩事略二则、吴三桂借兵记、庭闻录、平定耿逆记、闽难记、闽中纪略、平闽纪；
第40册
宁海将军国山贝子功绩录、发史、多铎妃刘氏外传、董妃行状、董小宛别传、汉人不服满人表；第50册满清兴亡史、名人轶事。
《中国野史集成续编》：中国野史集成续编编委会、四川大学图书馆撰，巴蜀书社影印本。根据我初步整理出来的涉及残明时期历史的文献有：
第21册
烈皇小识、东江始末、流寇长编；
第22册
燕都日记、柳如是事辑、虞渊沉、明季甲乙两年汇略、南都死难纪略、蜀破镜；
第23册
南渡录、明遗民录、胜朝粤东遗民录、南天痕；
第24册小腆纪传、小腆纪传补遗、小腆纪年附考；
第25册
续明纪事本末、胜朝彤史拾遗、海上见闻录定本、闽海纪略、岭海焚余、从征实录、鲁之春秋、三藩纪事本末；靖海志、台湾郑氏始末、靖海纪事；
第26册
胜朝殉扬录、续编绥寇纪略、荷插丛谈；
第27册
国朝掌故辑要。
《清世祖章皇帝实录》：中华书局影印本。
《清圣祖仁皇帝实录》：中华书局影印本。
《康熙起居注》：中华书局。
《朝鲜李朝实录中的中国史料》：吴晗撰
《明通鉴》：夏燮撰
《明史纪事本末》：谷应泰撰
《国榷》：谈迁撰
《二十五史补编》:第6册
《中国古代军事散文精选·清代卷》：王凯符撰，解放军文艺出版社。收录的大抵都是很常见的文章，如多尔衮致史可法书、史可法答多尔衮书、南都死难、嘉定之屠、扬州十日纪、江天一传、阎典史传……
《天下郡国利病书》：顾炎武撰，四部众刊本。
《肇域志》：顾炎武撰，上海古籍点校本。
古典笔记集（二）
东南纪事邵廷采
广阳杂记刘献廷
客滇述顾山贞
東林与復社
東林始末
復社紀事
復社紀略
汰存錄紀辨
瀋館錄不著撰人
庭聞錄劉健
专著类
《明史考证》：黄云眉撰
《中国全史》：史仲文、胡晓林撰
《中国通史》：白寿彝撰
《中国通史》：范文澜撰
《中国通史（旧）》：周谷城撰
《中国二千年史》：邓之诚撰
《明史》：汤纲、南炳文撰
《清史》：李治亭撰
《明实录研究》：谢贵安撰
《简明清史》：戴逸撰
《增订晚明史籍考》：谢国祯撰
《明代内阁政治》：谭天星撰
《正说明朝三百年》：孙景峰李金玉撰
《清通鉴》：章开沅撰
《清史编年》：李文海撰
《明史研究备览》：李小林、李晟文撰
《明末农民战争史》：顾诚撰
《明末农民战争史略论》：洪焕椿撰
《洪业—清朝开国史》：[美]魏斐德撰
《南明史》：顾诚撰
《明清易代史独见》：陈生玺撰
《张献忠大西军史》：王纲撰
《甲申史商》：栾星撰
《李自成起义史事研究》：王光亚撰
《南明史》：司徒琳撰
《清代西人见闻录》：杜文凯撰
《张献忠传论》：袁庭栋撰
《李自成纪年附考》：柳义南撰
《剑桥中国明代史》：牟复礼、崔瑞德撰
《国史概要（第三版）》：樊树志撰
《台湾历史教科书教师参考书》
《台湾高中历史教科书》
《弘光政权研究》：刘中平撰
《洪承畴与明清易代研究》：杨海英撰
《中国军事通史·明朝卷》：军事科学院撰
《中国军事通史·清朝前期卷》：军事科学院撰
论文类
台大历史学报26書寫忠烈：明末夏允彝、夏完淳父子殉節故事的形成與流傳
台大历史学报29天下兴亡，匹夫有责-明清鼎革中的夏家妇女
台大历史学报33万发具齐：网巾与明代社会文化的几个面向
台大历史学报33皇帝的最后一道命令
《张献忠在四川》：社会科学研究丛刊。内收录有十二篇论文，其中有六篇涉及“屠蜀”考辨。
《第九届明史国际学术讨论会暨傅衣凌教授诞辰九十周年纪念论文集》：陈支平撰，厦门大学出版社。
郑成功海商集团兴衰的历史反思作者：陈支平，
论隆武帝时期的闽军作者：徐晓望，
明代的华夷之辨作者：张兆裕，
南明首次乞师日本将领考作者：南炳文。
《第二届明清史国际学术研讨会论文集》：明清史国际学术研讨会论文集编辑组撰，天津人民出版社。
清代私家明史学的兴衰及其背景作者：姜胜利，
剃发——清初民族征服政策失败的实例，
杨鹍空敕案——清初江南又一起复明运动作者：何龄修，
有关清初迁海的问题——以广东为例作者：马楚坚，
郑成功南澳誓师抗清的意义及其影响作者：何广中，
明清时代中朝关系研究作者：冯荣燮，
清初海禁与对外关系作者：郭蕴静。
《顾诚先生纪念暨明清史研究文集》：《文集》编委会撰，中州古籍出版社。
甲申三百六十周年祭作者：王春瑜，
明代与清初全国耕地数的历史比较作者：万红。
《明代中后期军事制度研究》：肖立军，南开大学。
《明代内阁首辅制度研究》：单长桂，山东大学。
《明代双轨运行中央辅政体制述论》：张自成，《求是学刊》1996年第3期。
《明代内阁与中央政权体制演变的互动关系》：吴建军，《郑州大学学报》第39卷第3期。
《假皇帝与代管家──朱元璋废相后的明代阁权之争及其批判》：谢景芳，《齐鲁学刊》1996年第2期。
《论明朝的两大辅政系统——内阁与宦官》：刘芳，《雁北师范学院学报》第22卷第4期。
《论明代官僚政体的双重特色》：高春平，《河南大学学报》第34卷第3期。
《论明代的阁权》：李渡，《文史哲》1995年第6期。
《明朝内阁制度浅析》：郭季明，《甘肃教育学院学报》1997年第1期。
《明代大礼议前后的内阁体势变化》：陈超，《东北师范大学报》2003年第1期。
《明代内阁的政治功能及其转化》：田澍，《西北师范大学报》第31卷第1期。
《明代内阁相权的一点质疑》：何兆吉，《大连民族学院学报》第6卷第4期。
《明代内阁制度与党争》：刘晋华，《社科纵横》2003年6月。
《明代内阁制浅议》：姜德成，《兰州大学学报》1998，26（4）。
《试析明朝内阁制的政治效能》：王广军，《辽宁大学学报》1999年第4期。
《明代都司卫所制度与军管型政区》：郭红、于翠艳，《古代军事》。
《明代锦衣卫权势的演变及其特点》：徐连达，《复旦学报》1992年第6期。
《角色失范：明代“问题皇帝”研究》：赵秀丽，华中师范大学。
《“亡国之臣”：崇祯朝言官述论》：蔡明伦，《学术论坛》2005年第5期。
《八十年代以来明代政治中枢模式研究述评》：田澍，《政治学研究》2005年第1期。
《论明中后期言官的蜕变》：蔡明伦，《辽宁大学学报》2005年第5期。
《明代宦官监军制度述略》：冷东，《汕头大学学报》1994年第3期。
《明代军制与军饷》：杨顺波，云南师范大学。
《明代两京制度下的南京》：刘中平，社会科学辑刊2005年第3期。
《明代六科给事中制度研究》：郭景未，华南师范大学。
《明靖江王室特殊地位探源》：张伟，《焦作师范高等专科学校学报》第21卷第4期。
《明南京城池的军事防御体系研究》：吴庆洲，《建筑历史研究》2005年4月。
《明史研究论丛》：中国社会科学院历史研究所明史研究室撰，江苏人民出版社。
《明史研究论丛》（第二辑）李定国简论
《明史研究论丛》（第三辑）明遗民东渡述略
杂志类
文史杂谈人物篇“刽子手”枭雄李成栋的反反复复
文史杂谈史考篇“嘉定三屠”是何人所为？
文史杂谈历史篇“留发不留头”背后的林林总总
文史知识第101期（1989年第11期）联合农民军抗清的文安之
文史知识第108期（1990年第6期）蜚声日本的朱之瑜
文史知识第109期（1990年第7期）明代的知识宦官
文史知识第110期（1990年第8期）削除三藩与康乾盛世
文史知识第145期（1993年第7期）明末叛将刘泽清
文史知识第161期（1994年第11期）中西文化交流的使者-卫匡国
文史知识第161期（1994年第11期）陈圆圆史事辩误
文史知识第170期（1995年第8期）明末清初著名画家朱耷
文史知识第174期（1995年第12期）懊丧心态笼罩下的“意识流”-吴伟业《过淮阴有感》解析
文史知识第17期（1982年第11期）罪惟录
文史知识第191期（1997年第5期）内阁与司礼监-明代皇权平衡的两个砝码
文史知识第196期（1997年第10期）天地会《西鲁》神话之解析
文史知识第1期（81年1月）姚雪垠《论〈圆圆曲〉》献疑
文史知识第202期（1998年第4期）并不标准的遗民-屈大均晚年的政治态度
文史知识第213期（1999年第3期）李自成、张献忠与传教士
文史知识第21期（1983年第3期）什么叫八旗制度
文史知识第74期（1987年第8期）明朝官制（四）内阁与宦官
文史知识第75期（1987年第9期）一个明朝遗民的“心史”-吴伟业《秣陵春》
传奇简析
文史知识第75期（1987年第9期）明朝官制（五）加官、兼官、勋、爵和散官
文史知识第75期（1987年第9期）“自题圆石作诗人”-江左三大家之一吴伟业
文史知识第77期（1987年第11期）清代官制（一）-满汉杂糅的中央官制
文史知识第80期（1988年第2期）清代官制（四）-仕途与官员任用（上）
文史知识第95期（1989年第5期）清政敢言的刘宗周
《文史》第4辑介绍一种新发现的南明史料——《尊攘略》
《王朝末日中的“崇祯死弯”》：吴思
网文类
林洛文稿集2002年-2003年[修订新版]明朝灭亡真相林洛
林洛文稿集2002年-2003年[旧版]明朝灭亡真相林洛
“龙床”遗梦
古典小说类
仇史痛哭生第二撰
定鼎奇闻蓬蒿子编
海角遗编佚名著
海外扶余陈墨峰著
大明英烈传独孤红著
樵史演义陆应旸著
铁冠图
吴三桂演义佚名撰
清史演义蔡东藩撰
2009.1.14
http://t.cn/RqpHpR5这个是原文链接，我一共发了三弹，涉及南明的就这这篇。