任何水源中，都不同程度的含有各种杂质，而微灌系统中灌水器出口的孔径很小，灌水器很容易被水源中的杂质堵塞。因此对灌溉水源进行严格的过滤处理是微灌中必不可少的首要步骤，是保障微灌系统正常运行，延长灌水器使用寿命和保障灌溉质量的关键措施。
旋流式水砂分离器：此类过滤器是根据重力和离心力的工作原理，清除密度比水大的固体颗粒，需要定期的进行除砂清理，时间按照当地水质情况而定。