恢复科举取士制度。康熙七年（１６６８年），清廷正式恢复科举取士制度，以八股时文考试科举士人，成为有清一代定制。以后还不断扩充科举取士名额。

开设 博学鸿儒 特科
康熙十七年一月，康熙帝下令在北京开设博学鸿儒科，要内外官员推荐学行兼优、文词卓越之人来京，皇帝亲试录用。次年春，录取了５０人，均在翰林院供职，这５０人都是当时儒学名流。

恢复学校教育
　　明末清初的战乱破坏了地方官学，顺治初即着手恢复学校，鳌拜辅政时恢复工作受阻，康熙帝主持国政后加快了恢复速度。清初浙江八府的８０多所学校在顺治年间修复或开工修复的学校计４０所，鳌拜辅政时仅恢复６所，康熙八年至二十五年，浙江八府各州县的学校都得到恢复。
　　在封建社会中，学校历来被视为 贤才之薮、教化之基、学术事功之根底 ，学校的兴办对于育才、教化、学术的繁荣起到促进作用，也吸引了大批士子。

大力笼络蒙古王公
清朝皇室和蒙古王公世代联姻，赐给蒙古王公封爵和大量赏赉，允许他们定期进京朝贡和贸易。
康熙帝于康熙二十年在内蒙古喀喇沁、敖汉、翁牛特等部牧场内划地为界，建立了木兰围场，以行围打猎为名，联系蒙古王公贵族。康熙四十年以后，清廷在热河（今承德）开始建行宫。五十年，热河行宫正宫建成，康熙帝亲题 避暑山庄 四字。

海防制度趋于完善
将整个海防分为七段：东北、直隶、山东、江南（含今江苏、安徽两省的长江下游防务）、浙江、福建、广东（当时广西无海岸线）。东北海防分为东西两段，西段的中心设在锦州，东段中心设在旅顺，皆在康熙初年确立。
浙江海防康熙二年定为钦差大臣巡视，以海宁、定海、镇海、玉环为四海防中心，海岸重点口岸达３０余处。
康熙五十六年，在广州海滨修建横当、南山两处炮台。
康熙时定制，由琼州府崖州协水师营负责巡视东沙、西沙、南沙等岛屿。

康熙十五年四月，尚之信接受吴三桂招讨大将军封号，易帜改服，拥兵反清。其后，吴三桂屡次促其出师，索其军饷，之信气沮，图谋归正。十二月，暗地遣使赴江西简亲王喇布军前议降。康熙帝降特旨赦其罪。
　　康熙十六年清廷诏以莽依图为镇南将军，自赣州入粤受之信降，并命赖塔自福建入广东，取南雄，直抵韶州。五月，尚之信在肇庆反正降清，清廷令其袭平南亲王爵。七月，吴三桂遣马宝、胡国柱出韶州攻粤。莽依图逾岭援韶，双方在韶州大战数月，最后，江宁将军额楚援至，清军大胜。不久，高州（今茂名）、雷州（今海康）、廉州（今合浦）悉定，琼州（今海南琼山）、惠州叛军归顺。广东平定。
　　康熙十四年六月，孙延龄攻打梧州，为清两广总督金光祖所败。此后，孙部发生内讧，孙延龄反复考虑后，决定反正。十二月，吴三桂闻讯派从孙吴世琮领兵以恢复广东为名，进驻桂林，袭杀孙延龄。康熙十六年，清授傅宏烈广西巡抚、抚蛮灭寇将军。康熙十七年莽依图兵入广西。翌年正月，大败吴世琮于梧州城下，收复桂林。七月，再败吴世琮于南宁，世琮以数十骑逃走。康熙十九年，叛将马承荫获傅宏烈，执送贵阳，宏烈不屈而死。五月，莽依图讨平马承荫。广西遂定。
　　在西战场，董额军虽然克复了秦州、洮州、河州、兰州、延安诸地，但王辅臣仍在平凉负隅顽抗，吴军王屏藩、吴之茂部也从汉中遣兵赴援，清军未能获得实质性进展。康熙十五年清廷令大学士图海为抚远大将军，任西征事。五月，图海大败王辅臣于平凉城北，断其饷道。六月，辅臣降清，王屏藩、吴之茂部屡为张勇所败，遁回汉中。陕甘大定。

康熙十九年，清廷以安亲王岳乐久劳于外，调其回京，命贝子章泰代为定远平寇大将军，由湖南进取云贵。又以云贵多山，皆以绿营步兵居前，八旗骑兵继后，特命总督蔡毓荣为绥远将军，节制汉兵先进。另命王进宝留镇四川，赵良栋以勇略将军兼云贵总督率川师入滇，令征南大将军赖塔由广西进征云南。
　　十月，清军克贵阳，吴世璠偕吴应麒等逃奔云南。十一月，复遵义、安顺、石阡、都匀、思南等府，叛将李本深降。康熙二十年二月，清军至安南（今晴隆县），大败叛军于江西坡，新兴所、普安州也相继收复。贵州全复。
　　此时，彰泰军已进云南沾益，赖塔军也抵达云南曲靖，两军会师嵩明，议合围昆明。二十一日，叛军出城列象阵拒战，为清军大败。
　　此后，吴世璠执意困守孤城。九月，赵良栋统川师至昆明后，清军开始掘壕近逼。十月，城中粮尽，清军环城猛攻。二十八日，以线緎为首的叛将图执吴世璠以献，世璠闻变自杀。二十九日，线緎等率众出降。清军入城，戮吴世璠尸，传首京师。昆明收复后，清军迅速铲除了叛军残余，云南底定。
　　至此，历时八年，战火燃遍大半个中国的 三藩 之乱彻底平息，国内局势重新稳定下来。

昭莫多之战
　　噶尔丹自乌兰布通战败后，以科布多为基地，招集散逃人员，图东山再起。康熙三十三年，清廷诏噶尔丹会盟，噶尔丹拒赴，遣兵侵掠喀尔喀益甚，还密派间谍策反内蒙古各部背叛清朝。康熙三十四年，科尔沁土谢图亲王沙津前来木兰向清廷密报噶尔丹约其为内应，将要举乱。康熙帝将计就计， 乃密谕科尔沁诸部令复书伪许内应，诱令深入，而预调士马刍粮以待，议分三路出师以大创之 ①。九月，噶尔丹果然率骑兵三万自科布多东进，侵至车臣汗部后，沿克鲁伦河东下，进抵巴颜乌兰（今蒙古温都尔汗西），其后停顿不前，不敢贸然南犯。
　　康熙三十五年二月，清帝再次下诏亲征，率九万之众，分东、中、西三路进击：东路由黑龙江将军萨布素率领东三省及科尔沁蒙古兵沿克鲁伦河前进，堵噶尔丹东进之师；西路由抚远大将军费扬古、振武将军孙思克率陕甘之兵分出归化、宁夏，向土拉（今蒙古乌兰巴托西南）进发，截敌之归路；康熙帝自率中路清军出独石口（今河北沽源南）北上，直指克鲁伦河上游，与其它两路约期夹攻，三路合围，力求全歼叛军。
　　四月九日，康熙帝抵达科图（今内蒙古二连浩特东南）。此时，西路军因路途纡远，沿线多为噶尔丹军焚毁而行程缓慢，归化军才到达翁金（今蒙古德勒格尔盖），宁夏军距翁金尚有十日路程，东路军也因故未能如期到达预定地点。清军形成左、右两路滞后，中路孤军挺进的不利态势。时军中又盛传沙俄出兵六万助噶尔丹，扈从臣僚建议皇帝撤军，康熙帝坚不同意，率军继续前进。五月，清军迫近克鲁伦河，噶尔丹见清军阵容强大，又闻西路军已过土刺河，遂连夜率军西逃。康熙帝知俄兵援助乃是骗局，就率军穷追三日，
旋命马思哈为平北大将军蹑后追击。噶尔丹一路西逃，暗谋劫掠西路清军。
①　　 《清鉴纲目？圣祖康熙》

康熙二十二年六月，施琅在铜山港誓师，统水师３万余人，战舰３００余艘进攻澎湖。当时，郑氏派骁将刘国轩率２万官兵、２００余艘战舰在澎湖设防。刘国轩在战略上采取处处谨守，以逸待劳的方针，寄希望于台风起不战而胜。当清军进泊毫无遮掩的八罩岛、猫屿、花屿时，郑军坚闭不出，丧失了有利战机。
　　十六日晨，清军分两批进攻澎湖，郑军列船相迎，战斗异常激烈，双方伤亡很大，施琅及先锋蓝理俱受伤，最后清军撤出战场。二十二日，清军整军再战，以战舰５０艘从东路攻鸡宠屿，以战舰５０艘从西路入牛心澳，施琅自统率中路军，将５６艘战舰分成八股，直扑娘妈宫郑军大营。刘国轩率船相迎。清军集中优势兵力， 以五船结一队，攻彼一只 ③的战术，击沉击毁郑军战船百余艘，消灭郑军１２０００余人，招降４８００余人。郑军精锐基本上被歼灭。刘国轩和少数将领逃回台湾。
　　澎湖失守，台湾为之动摇，闰六月初，郑克塽集议战守事宜，冯锡范主张弃台南走，刘国轩力主投降，皆以台湾不可守。施琅继续屯兵澎湖，一面派人招降郑氏。七月，郑克塽上表请降，清军随后开进台湾，台湾兵民剃发归降。十一月，施琅留兴化总兵吴英留守，自己班师回闽。
　　清朝统一台湾后，于康熙二十二年四月，在台设一府三县：台湾府和台湾、凤山、诸罗三县，隶福建省。合厦门置分巡台厦道。全台设总兵一员，副将二员，驻兵八千，澎湖设副将一员，驻兵二千。至此，台湾正式归入清朝版图。
③　　 《台湾外记》卷十。

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