S002: 小技巧:如何用olex2画叠合图。
Mercury里有叠合工具还能算相似度,但是需要序列号。
olex2直接可以使用叠合工具,还免费
在olex2里叠合结构步骤如下:
如果一个不对称单元里有两个欲叠合的分子:
(1)Tools->Overlays->Match All Fragments 可以进行自动叠合。
(2)
方法1:
如果对自动结果不满意,Tools->Overlays->Mode Match 进入Mode状态进行手动叠合。
进入Mode状态后选择第一个分子第1个原子,再选择第二个分子第1个原子,依次选择两个分子各3个原子即可将两个分子进行叠合。
方法2:选择需要叠合的第一个分子里的3个原子,再按相同(!!!)顺序选择第二个分子里的3个原子,Tools->Overlays->Match Selected Atoms 即可。
(3)如果需要叠合多个分子可以先使用OTools->Overlays->verlay Structure 打开新的结构,再按照(1)(2)中的步骤进行叠合。
(4)如果要取消叠合选择Tools->Overlays->Unmatch 即可。关闭打开的结构可以用Tools->Overlays->Remove Overlay.
Mercury里有叠合工具还能算相似度,但是需要序列号。
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在olex2里叠合结构步骤如下:
如果一个不对称单元里有两个欲叠合的分子:
(1)Tools->Overlays->Match All Fragments 可以进行自动叠合。
(2)
方法1:
如果对自动结果不满意,Tools->Overlays->Mode Match 进入Mode状态进行手动叠合。
进入Mode状态后选择第一个分子第1个原子,再选择第二个分子第1个原子,依次选择两个分子各3个原子即可将两个分子进行叠合。
方法2:选择需要叠合的第一个分子里的3个原子,再按相同(!!!)顺序选择第二个分子里的3个原子,Tools->Overlays->Match Selected Atoms 即可。
(3)如果需要叠合多个分子可以先使用OTools->Overlays->verlay Structure 打开新的结构,再按照(1)(2)中的步骤进行叠合。
(4)如果要取消叠合选择Tools->Overlays->Unmatch 即可。关闭打开的结构可以用Tools->Overlays->Remove Overlay.