水果保鲜柜的使用，不仅仅需要维护好设备机器和保持内部清洁，还需要进行严格的消毒。水果保鲜柜在长时间的使用中存在大量细菌，每平方厘米细菌数居然达到了1~3个，其中一些水果保鲜柜甚至每平方厘米有多达数百个大肠杆菌。因此不难看出，定期对水果保鲜柜进行消毒，是必不可少的重要事项。
保鲜柜该如何清洗：在给水果保鲜柜做清洁前，首先切断保鲜冷柜电源，将保鲜柜内的食物拿出，然后将冷藏架内的搁架、果蔬盒、瓶框取出，注意这些都是易碎物，需谨慎小心。
用抹布蘸着混有洗洁精的水擦洗附件，清洗完毕以后，用抹布擦干，或者放在通风干爽的地方，让它自然风干。
冷冻室内的抽屉依次抽出，冷冻的食物也可以不取出来。先对便利店冰柜外壳和门体进行清理，用微湿柔软的布擦拭便利店冰柜的外壳和拉手，如果油渍比较多的地方，可以蘸点洗洁精擦洗，效果更好;
用软毛刷清理便利店冰柜背面的通风栅，用干燥的软布或毛巾擦拭干净;便利店冰柜运行1小时左右，检查水果冷藏柜温度内是否下降，然后将食物放进保鲜柜内。这个时候，保鲜柜的清洗工作就完成了。
水果保鲜柜消毒的方法：取出内藏的所有物品;用加了清洁剂的热水彻底擦净便利店冰柜内腔及搁置于水果保鲜柜内的所有附件用清洁热水再次擦净水果保鲜柜内腔及附件;
用喷雾剂喷雾含洗必泰或戊二醛、二氧化氯等对人体基本无毒的成分的消毒剂;半小时后开启通风，首先要定期。
由于水果店水果保鲜柜使用频率过高，所以每周至少一次对水果保鲜柜进行清洗、除菌、消毒。其次是方法要正确，除了对水果保鲜柜内部常规部进行清洗、消毒外，更应该注重用高效的保鲜柜专用消毒剂，来对保鲜柜内部的滴水槽、隔板槽等死角进行喷射消毒。