1645年5月13日，清军薄扬州城下；5月20日扬州城破，扬州顿成屠场。任何女人不论愿意还是不愿意，都有可能被成群的清兵轮奸。清军下令“十日不封刀”，到5月29日，即滥杀和抢劫的第十天，这场大屠杀结束了。那座城市当时已没任何生命迹象，和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。据当时人们的保守估计，有80-90万人死于这场屠杀。

令人感到纳罕的是汉人竟是那样没有血性。城破，守城明军争相逃命，宁可从城墙上摔下跌死，也不敢抵抗。“惶惶觅隙潜匿”，百姓亦然。史载：只要遇见一个满族士兵，“南人不论多寡，皆垂首匍伏，引颈受刀，无一敢逃者。”一个清兵，遇见约50名青壮男子，清兵横刀一呼：“蛮子来！蛮子来！”这些人皆战战兢兢，无一敢动。这清兵押着这些人(无捆绑)去杀人场，无一人敢逃。到刑场后，清兵喝令：“跪！”呼啦啦全部跪倒，任其屠杀。

顺治2年11月15日，扬州10日的大刽子手豫亲王多铎，将屠杀中掠夺的“才貌超群汉女人103”，奉献给满清最高酋长。顺治帝获得十名，摄政王多尔衮获得三名，辅政郑亲王济尔哈朗三名，肃亲王豪格等各二名，英郡王阿济格等各一（《清初内国史院满文档案译编》中册，第197页）。清兴安总兵抢夺妇女达100多人，“淫欲无厌”。制作长押床，裸姬妾数十人于床，“次第就押床淫之。复植木桩于地，锐其表，将众姬一一签木桩上，刀剜其阴，以线贯之为玩弄，抛其尸于江上”（《平寇志》卷12）。

顺治二年（1645）5月9日，南京失陷时，当涂孙陶氏被清兵所掠，“缚其手，介刃于两指之间，曰：从我则完，不从则裂。陶曰：义不以身辱，速尽为惠。兵稍创其指，血流竟手。曰：从乎？曰：不从。卒怒，裂其手而下，且剜其胸，寸磔死”（《明史》卷303）。
满清占领南京后，一些降官自动剃发，并建议汉人效之。满清遂颁布命令：“所过州县地方，有能削发投顺，开城纳款，即与爵禄，世守富贵。如有抗拒不遵，大兵一到，玉石俱焚，尽行屠戮。”

《东华录》卷五顺治元年条则记载：“不随本朝制度剃发易衣冠者，杀无赦”。镇江知府告示则是：“一人不剃发全家斩，一家不剃全村斩”！江宁巡抚土国宝宣布：“剃发、改装是新朝第一严令，通行天下，法在必行者，不论绅士军民人等，留头不留发，留发不留头！南山可移，此令不可动！”并将反抗者的人头，集中悬挂起来恐吓人民。顺治二年(1645年)6月24，清庭新任江阴知县方亨到任。28日方亨布告全县立即剃发，并限令三天内剃完。布告用词极为严峻。称：“留头不留发，留发不留头”。

一位叫许用德的青年振臂高呼：“头可断，发决不可剃！”这个义薄云天的口号立即得到大家的响应。一场悲壮的起义遂由此展开。原南明江阴典吏陈明遇被推举为首领，因功升调另职尚未赴任暂居城外的前典吏阎应元被请入城主持防务。江阴城小，面积和人口都只有扬州的好几分之一。但其守城的时间比扬州长十几倍。清军源源补充。义军的人力、物力不断消耗。精疲力竭，城池陷落是不可避免的。但清军也遭到他们南下后的第一场硬仗。有史籍称，清军在攻城中死伤六万多人，在城破后的巷战中又死伤数千人。而江阴军民在战斗中和城破后的屠城中死义17万多人。所有的领导人亦全部身殉。《江阴城守纪》云：“满城杀尽，然后封刀。……城中所存无几，躲在寺观塔上隐僻处及僧印白等，共计大小53人。是役也，守城81日，城内死者9.7万余人，城外死者7.5万余人”。清兵在江阴的观音寺“掠妇女淫污地上，僧恶其秽，密于后屋放火。兵大怒，大杀百余人，僧尽死”（《明季北略》卷11）。抗拒清军奸淫被害妇女，按照满清地方志统计为101人（道光《江阴县志》卷20《烈女》）。

常熟大屠杀，“通衢小巷，桥畔河干，败屋眢井，皆积尸累累，通记不下五千余人，而男女之被掳去者不计焉”。“沿塘树木，人头悬累累，皆全发乡民也”（《海角遗编》）。
清军陷昆山，在那里抵抗了3天的义军逃走后，于是对平民实行大屠杀，当天的死难者就达4万。“总计城中人被屠戮者十之四，沉河堕井投缳者十之二，被俘者十之二，以逸者十之一，藏匿幸免者十之一”（《昆新两县续修合志》卷五一兵纪）。“杀戮一空，其逃出城门践溺死者，妇女、婴孩无算。昆山顶上僧寮中，匿妇女千人，小儿一声，搜戮殆尽，血流奔泻，如涧水暴下”！昆山县庠生胡泓时遇害，其妻陆氏21岁抱着三岁的儿子，欲跳井，被一清兵所执。“氏徒跣被发，解佩刀自破其面，……氏骂不绝口，至维亭挥刀剖腹而死”（光绪六年《昆新两县续修合志》卷36）。

嘉定三屠，满清杀了20多万。清军围困嘉定城时，在城外“选美妇室女数十人，……悉去衣裙，淫蛊毒虐。”嘉定沦陷后，清军抢掠“大家闺彦及民间妇女有美色者生虏，白昼于街坊当众奸淫；……有不从者，用长钉钉其两手于板，仍逼淫之。”“妇女不胜其嬲，毙者七人”（《嘉定屠城纪略》）。“市民之中，悬梁者，投井者，投河者，血面者，断肢者，被砍未死手足犹动者，骨肉狼籍”。清兵“悉从屋上奔驰，通行无阻。城内难民因街上砖石阻塞，不得逃生，皆纷纷投河死，水为之不流”。“兵丁每遇一人，辄呼蛮子献宝，其入悉取腰缠奉之，意满方释。遇他兵，勒取如前。所献不多，辄砍三刀。至物尽则杀”（《嘉定乙酉纪事》）。更有甚者，清军“拘集民船，装载金帛、子女及牛马羊等物三百余船”，满载而去了。魏斐德慨叹：“三屠留给这座城市是毁灭和不知道德为何物的幸存者”。满清主要靠穿着满清军服的汉人杀汉人，不然光凭满人是杀不过来的。

泾县，屠杀了5万；舟山，第一次屠杀约万余，第二次全部沉海溺杀，数字不可考；苏州，因为投降的早，仅屠半城，屠杀约十余万；嘉兴，屠杀约十余万；金华，屠杀约五万；赣州府，屠杀合计约40万；南昌府屠杀合计约40万。

清人写围攻南昌，对投降的一律杀死。明军王姓副将带士兵和家眷5百多人，剃头弃甲投诚，清军留11人活口，其余“分杀”。史书称降者少则三四十，多则数百，除部分妇子留做奴隶，都死在清刀下。“妇女各旗分取之，同营者迭嬲无昼夜。三伏溽炎，或旬月不得一盥拭。除所杀及道死、水死、自经死，而在营者亦十余万，所食牛豕皆沸汤微集而已。饱食湿卧，自愿在营而死者，亦十七八。而先至之兵已各私载卤获连轲而下，所掠男女一并斤卖。其初有不愿死者，望城破或胜，庶几生还；至是知见掠转卖，长与乡里辞也，莫不悲号动天，奋身决赴。浮尸蔽江，天为厉霾”（徐世溥《江变纪略》）。

1649年占领湖南湘潭后屠城，仅存百余，被杀者约5万。沅江屠杀了约10余万。
1649年大同守城8月之久后，兵民全部被屠绝，仅存五人。“附逆抗拒”州县也一概屠杀；汾州、朔州、浑源、太谷、泌州、泽州全部屠绝，合计超过40万。顺治七年十二月，山西总督佟养亮揭贴：“大同、朔州、浑源三城，已经王师屠戮，人民不存”！《朔州志》也承认：“城破，悉遭屠戮”。

福建省被杀的合计超过百万人。福建同安县屠城死难5万余人，梵天寺主持释无疑收尸合葬于寺东北一里之地，建亭“无祠亭”，墓碑上则刻“万善同归所”。
清寇攻陷潮州，“纵兵屠掠，遗骸十余万”，揭阳县观音堂海德和尚等收尸聚焚于西湖山，将骨灰葬在西湖南岩。
尚可喜率明军火器部队归后金，扭转了后金和明的武器对比，充当清军的先锋。尚可喜刚一攻入广东就在南雄屠杀了两万人。他的文书陈殿桂亲眼目睹“伏尸如山”的惨状，写下《雄州店家歌》回忆：家家燕子巢空林(家燕逃到树林里)，伏尸如山莽充斥(莽，野草)…死者无头生被掳(生者都被俘虏，妇女为主)，有头还与无头伍(妇女最后还是要被凌辱逼死)。血泚焦土掩红颜(红颜，妇女)，孤孩尚探娘怀乳(婴儿在死去的母亲怀里挣扎)。

尚可喜于1650年2月率军攻至广州城下，开始了长达9个月的围城攻坚。《顺治实录》记载伪清屠城令：“其据城逆命者，并诛之。”清军屠城布告：“谕南朝官绅军民人等知道：……如有抗拒不遵，大兵一到，玉石俱焚，尽行屠戮！”至十一月，广州城破。随即对广州进行了12天的疯狂大屠杀，至少70万人遇难。史称“庚寅之劫”。
林文陔《浅析建国前佛山商业的兴衰》：“明末清初的战争，广州遭两藩屠城，当时广州死者70多万人”。广州市地方志编纂委员会《广州市志.宗教志》：“清顺治七年(1650)，清军攻广州，死难70万人。

清初人钮琇《觚賸》记载：“再破广州，屠戮甚惨，居民几无噍类。浮屠真修曾受紫衣之赐，号紫衣僧者，募役购薪聚胔于东门外焚之，累骸烬成阜，行人于二三里外望如积雪。因筑大坎瘗焉，表曰共冢。”大意：满清攻破广州，大屠杀很悲惨，市民几乎没留活口。释真修法师曾被明朝皇帝赐给紫衣，他出钱雇人买柴，把死者的遗体运到东门外堆积，用火焚烧，骨灰成山，行人在二三里外望去，如同积雪。后来就在旁边挖大坑掩埋，立碑为“共冢”。
魏斐德(F.E.Wakeman)《洪业》云：“尚可喜占领了广州。此后10天里，广州城惨遭洗劫，…尸体在东门外焚烧了好几天。…这个焚尸的火堆，在许多复明分子的心目中，标志着明朝重建希望的真正破灭……直至19世纪，仍可看见一座积结成块的骨灰堆。”