故事从作家Donnelly和牧羊人Jakobson开始。
Jakobson在十八世纪上了岛（赫布里底群岛中的一个，属于英国殖民地）以后想要发家致富为他的子孙后代留下一处栖息地，就开始造了一个茅屋并且开始养羊。但是事与愿违，Jakobson得了病，在建好茅屋两年后就死了。作家Donnelly就把这个岛的起源、如何荒废成为无人问京的孤岛（故事很多，包括hermit是如何乘坐着无底的船来到这个岛上，因为最开始是一个土著人住的岛），以及牧羊人Jakobson的故事从头到尾的写成了一本书然后发表了。
主角，也就是陈述人，和Esther在图书馆找到了这本书并且一起读过这本书，他们非常喜欢书中记载的故事。他们就常常来到这个孤岛上逛游，然后他们就成婚并且在英格兰居住了下来。后来有一次他们两个都喝醉了，驾车的时候在M5高速公路上和另一个同样酒驾的司机Paul相撞了（这就可以解释为什么岛上有很多乙醇的化学结构图以及代表汽车刹车系统的电路图）。Esther当场死亡。（车祸的场景在游戏中主角落入水中呈现的幻觉中可以重新看到，高速公路旁边的牌子上面写着M5）主角从医院出来以后对Paul表示他并不怪罪他（因为当时他们也喝醉了）。但是Paul极度愧疚最终抑郁自杀。主角本身也很难再往以后的生活看，随后来到了小岛上，来到了Jakobson的小茅屋里读着Donnelly的书，借此感受亡妻。主角的身体随着年龄的增大变得越来越差，在他感知自己快死了的时候，他绕着小岛最后再走了一圈，并且将自己的生活和书中的故事作比较。最后，主角决定与Esther再次相遇，从灯塔上一跃而下，解脱自己。
还有一点需要提到的就是，Paul为一家颜料公司工作，主角在岛上到处涂画的化学式中也包含所用颜料的化学结构式，而其涂鸦所用颜料正是Paul工作的颜料公司的一款荧光涂料产品。