罗马宗教裁判所，即今日圣座信理部（Congregatio pro Doctrina Fidei）前身，成立于1542年。
在宗教裁判所成立之前，教会反对异端的任务通常由主教调查，并交由世俗法庭予以制裁。第三届拉特朗大公会议（1179年）开始对此进行立法，成为后来十字军对阿尔比派（Albigenses）镇压的法律依据。1224年皇帝腓特烈二世对异端执行了火刑，后格里高利九世对此萧规曹随。
最初，宗教裁判所建立在地方主教区，由主教掌握。由于主教有时不在自己的教区抑或公务缠身无暇顾及，导致当时的宗教裁判所效率低下。于是教宗格里高利九世在13世纪30年代发布通谕，建立直属教宗管辖宗教裁判所。1231年教皇格里高利九世发表《绝罚通论》（Excommunicamus）来谴责异端，并想到新的措施来对付异端，在德国、法国北部、郎格多克以及意大利都设立了异端裁判所。而受派去异端裁判所的审判员大多都是多明我会的修士。在昔日欧洲，异端裁判所是声名狼籍的，是不光彩的，但当时的异端裁判所并不是一个机构，充其量只是一系列的宗教审判员，1252年，教宗依诺增爵四世进一步批准宗教裁判所可以在审讯用刑。可用刑罚包括没收全部财产、鞭笞、监禁、终身监禁，不撤销自己异端思想的下场是火刑。由于有权搜捕嫌疑犯及同伙，这使得人人自危。
宗教裁判所存在的几个世纪中，以宗教为名进行了许多不当的审判。宗教裁判所限制了中世纪的西欧思想文化的发展，却巩固了教会的权威。另一方面，宗教裁判所与十字军一样，为天主教历史留下污名。