鉴于PAUP命令比较多，输人麻烦，将所有命令集合在一起写成的命令脚本成为运行PAUP的标准方式。黄色内容是脚本，红色可以修改。
(1)运行PAUP'以编辑模式（edit mode)打开NEXUS数据文件。
(2)将光标移到文件末尾的“End;”处，按回车键，在新的一行开始输入下述命令：
begin paup;
..........................................................
end；
上述命令中的treenamel是保存MPT的文件名，treename2保存从这些MPT中计算的严格合一树和多数规则合树的文件名，这两个文件名可以根据自己的爱好填写。outgroup-name必须是数据集中外群的名称,当有多个外类群是只列出其中的一个。
(3)从file菜单中选择“save as”，在弹出改变数据对话框中输入新版木的名称（如xxx-mp),保存改变后的数据为一新文件，表示是进行MP法分析的数据集。关闭编辑窗口。
(4)从file菜单中选择“open”或“execute”，打开刚保存的新文件，PAUP即开始进行MP分析。如果输人的命令有问题，则在运行时出现警告对话框，关闭运行对话框后，出现数据编辑窗口，并将光标移到有问题的命令上，可以修改后保存，再重新运行。运行结束后在与数据集同样路径的文件夹中生成treenamel和treename2两个树文件。