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输入Help，窗口列出命令列表。
Help <command>，单命令介绍，包括该命令当前状态。如：help lset。
Manual，在mrbayes文件夹会产生一个命令详细介绍的文件。
（依次输入命令，完成简单也最常用的分析）：
Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributedrate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改，不过一般无须更改。
mcmc ngen=10000 samplefreq=10，保证在后面的可能性分布中probabilitydistribution至少取到1000个样品。默认取样频率：every 100th generation。
如果分裂频率分支频率splitfrequencies的标准偏差standarddeviation在100,000代generations以后低于0.01，当程序询问：“Continuethe analysis? (yes/no)”，回答no；如果高于0.01，yes继续直到该值低于0.01。
sump burnin=250（在此为1000个样品，即任何相当于你取样的25％的值），参数总结summarize the parameter，程序会输出一个关于样品（sample）的替代模型参数的总结表，包括mean，mode和95 % credibility interval of each parameter，要保证所有参数PSRF（the potential scale reductionfactor）的值接近1.0，如果不接近，分析时间要延长。
sumt burnin=250，总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posteriorprobabilities的树以及一个具有平均枝长meanbranch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
贝叶斯建树后验概率问题与参数设置
1. 说明
现就关于贝叶斯建树过程中不显示后验概率和部分参数设置做一说明。
2. MrBayes的安装
MrByes官网：http://mrbayes.sourceforge.net/来下载MrBayes软件并安装。
多线程与单线程建树差异：
1.使用多线程版本得到的树状图和单线程版本的树状图完全不一样，差别太大。多线程版本的树状图完全是所有的分支都集合到一个点上，而单线程的就正常了。这可能是由于不会使用多线程运行MrBayes的原因 或 软件在多线程下的运算方法不好(可能性很小)
2. 在使用MrBayes 3.2.1版本中，发现默认下得出的tree文件中在treeview软件中显现不出后验概率，而3.1.2版本有。所以建议使用3.1.2版本。
3. MrBayes使用方法
之前有提到建树方法，这里作一补充：
3.1主程序运行。
以下命令中nchains的值要 >= 设置使用CPU数。在单线程运行的时候可以不需要设置,而在多线程运行的时候不设置则会报错；ngen则是运行的长度，默认1,000,000次；samplefreq则是取样频率，每隔多少次运行次数取一次样；printfreq是打印频率，即每运行多少次将打印一行结果到屏幕上，默认为500；diagnfreq则代表每运行多少次分析一次结果，得出 Average standard deviation of splitfrequencies，默认是5,000.
运行时，会在输出到屏幕的最后一列看到预测的程序剩余运行时间。
MrBayes > mcmc nchains=24 ngen=2000000 samplefreq=1000printfreq=500 diagnfreq=5000
3.2如果在设定的代数运行完毕后，给出的 Average standard deviation of splitfrequencies的值小于0.01，则根据提示输入‘no'来停止运行，反之则输入'yes'继续运行直到满足其值小于0.01为止。
Ifyou are intersted mainly in the well-supported parts of the tree, a standarddeviation below 0.05 may be adequate.
4.1使用sump来对参数值进行归纳。设置的burnin值为 (ngen / samplefreq) * 0.25 。程序给出一个概括的表，要确保PSRF一列中的值接近 1.0，否则需要运行该多的代数。
MrBayes > sump burnin=500
4.2使用sumt来构树。burnin值和前一个相同
MrBayes > sumt burnin=500
TreeView软件
Treeview是Windows系统下最早的系统树显示软，可以满足大多数情况下对系统树显示方式的需求；TreeView能够输人nexus和Newick格式的文件，可以将系统树输出保存为几种不同的文本和图像格式：
1.在“file— save as”中叶以保存为1种不同的本格式;在“file-save as graphic”中可以保存为2种图形格式（此时保存的图形类似屏幕截图软件，需要将系统树在屏幕上调整好，)
2.比较好的图形输出方式在：" Tree-Print trees”菜单命令下，在Print trees窗口中，我击“layout”中设置每页放置的图形数；点击“order”设置三种不同的分支排列方式，点击“leaf font”中设置分类单元名称的字体、字型（物种学名斜体）和大小；点击“internalfont”设置内部节点名称的字、字型、大小。设置完成后，点击“picture”可以保存为wmf或emf格式的图形;点击“print”在打印机上打印；点击“copy”复制后粘贴到其他文件中。
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输入Help，窗口列出命令列表。
Help <command>，单命令介绍，包括该命令当前状态。如：help lset。
Manual，在mrbayes文件夹会产生一个命令详细介绍的文件。
（依次输入命令，完成简单也最常用的分析）：
Execute filename.nex，打开待分析文件，文件必须和mrbayes程序在同一目录下。
Lset nst=6 rates=invgamma，该命令设置进化模型为with gamma-distributedrate variation across sites和a proportion of invariable sites的GTR模型。模型可根据需要更改，不过一般无须更改。
mcmc ngen=10000 samplefreq=10，保证在后面的可能性分布中probabilitydistribution至少取到1000个样品。默认取样频率：every 100th generation。
如果分裂频率分支频率splitfrequencies的标准偏差standarddeviation在100,000代generations以后低于0.01，当程序询问：“Continuethe analysis? (yes/no)”，回答no；如果高于0.01，yes继续直到该值低于0.01。
sump burnin=250（在此为1000个样品，即任何相当于你取样的25％的值），参数总结summarize the parameter，程序会输出一个关于样品（sample）的替代模型参数的总结表，包括mean，mode和95 % credibility interval of each parameter，要保证所有参数PSRF（the potential scale reductionfactor）的值接近1.0，如果不接近，分析时间要延长。
sumt burnin=250，总结树summarize tree。程序会输出一个具有每一个分支的posteriorprobabilities的树以及一个具有平均枝长meanbranch lengths的树。这些树会被保存在一个可以由treeview等读取的树文件中。
贝叶斯建树后验概率问题与参数设置
1. 说明
现就关于贝叶斯建树过程中不显示后验概率和部分参数设置做一说明。
2. MrBayes的安装
MrByes官网：http://mrbayes.sourceforge.net/来下载MrBayes软件并安装。
多线程与单线程建树差异：
1.使用多线程版本得到的树状图和单线程版本的树状图完全不一样，差别太大。多线程版本的树状图完全是所有的分支都集合到一个点上，而单线程的就正常了。这可能是由于不会使用多线程运行MrBayes的原因 或 软件在多线程下的运算方法不好(可能性很小)
2. 在使用MrBayes 3.2.1版本中，发现默认下得出的tree文件中在treeview软件中显现不出后验概率，而3.1.2版本有。所以建议使用3.1.2版本。
3. MrBayes使用方法
之前有提到建树方法，这里作一补充：
3.1主程序运行。
以下命令中nchains的值要 >= 设置使用CPU数。在单线程运行的时候可以不需要设置,而在多线程运行的时候不设置则会报错；ngen则是运行的长度，默认1,000,000次；samplefreq则是取样频率，每隔多少次运行次数取一次样；printfreq是打印频率，即每运行多少次将打印一行结果到屏幕上，默认为500；diagnfreq则代表每运行多少次分析一次结果，得出 Average standard deviation of splitfrequencies，默认是5,000.
运行时，会在输出到屏幕的最后一列看到预测的程序剩余运行时间。
MrBayes > mcmc nchains=24 ngen=2000000 samplefreq=1000printfreq=500 diagnfreq=5000
3.2如果在设定的代数运行完毕后，给出的 Average standard deviation of splitfrequencies的值小于0.01，则根据提示输入‘no'来停止运行，反之则输入'yes'继续运行直到满足其值小于0.01为止。
Ifyou are intersted mainly in the well-supported parts of the tree, a standarddeviation below 0.05 may be adequate.
4.1使用sump来对参数值进行归纳。设置的burnin值为 (ngen / samplefreq) * 0.25 。程序给出一个概括的表，要确保PSRF一列中的值接近 1.0，否则需要运行该多的代数。
MrBayes > sump burnin=500
4.2使用sumt来构树。burnin值和前一个相同
MrBayes > sumt burnin=500
TreeView软件
Treeview是Windows系统下最早的系统树显示软，可以满足大多数情况下对系统树显示方式的需求；TreeView能够输人nexus和Newick格式的文件，可以将系统树输出保存为几种不同的文本和图像格式：
1.在“file— save as”中叶以保存为1种不同的本格式;在“file-save as graphic”中可以保存为2种图形格式（此时保存的图形类似屏幕截图软件，需要将系统树在屏幕上调整好，)
2.比较好的图形输出方式在：" Tree-Print trees”菜单命令下，在Print trees窗口中，我击“layout”中设置每页放置的图形数；点击“order”设置三种不同的分支排列方式，点击“leaf font”中设置分类单元名称的字体、字型（物种学名斜体）和大小；点击“internalfont”设置内部节点名称的字、字型、大小。设置完成后，点击“picture”可以保存为wmf或emf格式的图形;点击“print”在打印机上打印；点击“copy”复制后粘贴到其他文件中。
