随著毗邻西班牙的强大，以及荷兰、英国等新兴海上强权的崛起，令葡萄牙的国势在16世纪中叶开始滑落。1580年，葡萄牙并入了西班牙之中，成了西班牙的附庸。虽然国家开始中衰，但西班牙却对外连番遭到挫败，先是无敌舰队遭到英格兰的重挫，以及和尼德兰苦战的八十年战争，再加上17世纪上半叶的三十年战争，都令西班牙元气大伤。

葡萄牙趁西班牙受挫的时候再次扩张其国力，并建立起巴西殖民地。挽回部分劣势。然而，面对著其他新兴的海上强权如荷兰、英国等，葡萄牙的殖民地范围开始萎缩，印度、锡兰等地相继被夺去。

面对殖民地遭到瓜分，葡萄牙王国便把重心放在巴西殖民中。经过发展后，巴西为葡萄牙带了为数不少的黄金、宝石等财物，令葡萄牙－巴西－阿尔加维联合王国的经济再次振兴。然而，巴西人民独立之心却日益炽热，最后更在1822年取得独立。此外，1755年葡萄牙里斯本发生的一场地震，更令里斯本被夷为平地，经济更形低落。

18世纪末，法国大革命爆发，由拿破仑领导的法兰西第一帝国在1804年建立。不久后，半岛战争打响。1808年伊比利亚半岛的葡萄牙本土被法国占领，王室迁都殖民地巴西的里约热内卢。但不久，葡萄牙联合英国打击进犯的法军，成功解除困境，1815年收复本土，首都复迁回里斯本。

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