工藤新一其实是黑羽盗一的哥哥，他们俩都是黑衣组织的成员。但工藤新一想退出黑衣组织，但被黑衣组织发现后便被杀了。黑羽盗一向世界闻名的科学家宫野（灰原之父）求救，看可不可以救活工藤新一，于是宫野给了一颗APTX4869给工藤新一吃，看有什么反应。结果因此药刺激工藤新一的心脏而重新跳动，并且复活了，但因死人身体无抵抗能力而直接变回了婴儿，并且失忆。黑羽盗一便把工藤新一拿给工藤优作收养，以躲避黑衣组织的毒手。但黑衣组织很快便知道这件事，并把黑羽盗一杀了，也把宫野和他妻子的煞车器给弄坏了，导致他们因车祸而丧身。宫野死前把这秘密告诉给灰原和明美，要她们找回工藤新一，告诉工藤新一他自己的真实身份。过了几年，调查此案的黑衣组织成员去世，因此黑衣组织便停止调查。之后灰原找到了工藤新一，但因爱上了工藤新一而不忍心告诉他的真实身份，以免工藤新一受不了刺激。从以上的推理，我们可以知道为何当时潜入学校的神秘男子是黑羽盗一，他说得那一句迷般的话：“我是你的弟弟。”也可以得到一个解释了。灰原说在半世纪前已经进行的计划，工藤新一已经卷入了，因为工藤新一已经服用了宫野的药了，并且成为第一个实验品了。
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