六月,清军从间道窥湖南湘阴,被隆武江北巡抚旷章所部2000人于潼溪(今湖南汨罗北新墙河南岸)击败,损失人、马各干余。这时,浙东地区鲁王政权所在地绍兴被清军攻破,隆武政权镇守闽浙咽喉仙霞关之郑芝龙慌忙撤兵,还安平镇(今福建晋江安海镇),郑鸿逵逃回福建浦城。七月初十日,征南大将军勒克德浑班师回京。八月十五日,清廷命恭顺王孔有德为平南大将军,与怀顺王耿仲明、续顺公沈志祥、右翼固山额真金砺、右翼梅勒章京屯泰,率军往征湖广(参见孔有德平湖南之战)及两广。二十日,又命智顺王尚可喜统所部协征。其作战部署为,先定湖广,次定赣南,然后入广东,镇守一方。与此同时,平南大将军博洛于平定浙江后,挥师南下,进入福建。因郑芝龙全线撤兵,博洛率清军得以于八月间取浦城,从容进入福建(参见博洛平福建之战)。隆武帝朱聿键闻讯,自延平(今福建南平)往汀州(今福建长汀),企图奔赣州。八月二十四日,清军由延平兵分两路,一路由博洛统率,直取福州;一路由李成栋导引,追击隆武帝。二十八日,朱聿键被清军俘杀,隆武政权亡。九月十九日,清军至福州。十月四日,赣州被清军攻破,杨廷麟、万元吉等均自杀。