matrix营造了一个非同一般的幻境。这个幻境的理解很需要人来费一番周章。
zion和ai应该都是matrix的两个系统，在这两个系统当中zion代表着那些反叛主义者的力量，他们竭尽所能维持自我生存的意义。而在ai的世界里，人们就是一个个既定的程序，在程序中体现着自己的功能。zion和ai的冲突，实现了对这个机器文明时代的社会整合，整合的结果使得群体的界限更加明晰，两个群体就在这样的相互冲突中实现了系统的升级。
当外部环境发生变化之后，内部结构就会作出相应的调整以实现系统自身的平衡和升级。在达尔文和帕森斯等人的进化论和结构功能主义指导下，这样的社会整合和社会进化达到了完美的平衡。

而故事当中，nero作为the one的出现，Mr。smith作为一个病毒代码的出现，产生了冲突最为尖锐的对立。smith一开始时作为一个ai系统的防火墙出现的，作为一个ai的特工，他禁止着所有非法程序对ai的入侵。但由于代码的变异，使得防火墙成为了一个病毒，smith开始在ai中无限的传染，使得系统出现里平衡的偏离。这是墨菲斯作为一个zion的captian来到了ai寻找可以解放zion的the one。故事就从这里开始了。
在情节进行中，nero找到了prophet，porphet告诉nero你的道路不是如何去走的道路，而是如何去选择的问题。nero想要拯救zion就要进入matrix之中，在寻找matrix的过程中，崔妮蒂在ai中死去了，nero用了吻和现实中的强心剂将他救活过来了。崔妮蒂的死很有争议，但在ai中死亡，表示代码的中断，并不意味着脑电波的中断，而在现实生活中通过人工呼吸的方式起死回生的例子并不少见。在这个拯救崔妮蒂的过程中，nero具有了爱的代码。这一个代码，使得the one不同于其他的the one了。
要找到matrix就必须要有进入的key。而大家都知道每一个软件的安装和合法使用都要用一个key。而在电影中的key是一位钥匙匠。他就是电脑里的注册码生成器。能够打开所有的软件和程序。而这位key被一个法国人囚禁着，这个法国人扮演着电脑里的回收站性质的功能。他通过脱离于matrix的回收路径——城铁火车，进行走私活动，将系统删除了的废旧程序召入自己门下。所以他是一个不折不扣的古董收藏家。
在回收站的世界里面，有无数道门，每一道门就可以随意通往不同的地点。这就好像是游戏外挂中的坐标移动，随心所欲的进行坐标上的移动。
在这里几场精彩的大戏都悉数登场了。其中在那一幕追车场面更是耗资巨大，异彩纷呈，堪称经典。耗资修建了一段高速公路，用自动步枪打坏无数凯迪拉克。

在进入了marix之后，nero和系统的designer进行了一段很重要的交流，在交流中nero知道，他是第六个the one，在他之前的五个the one都直接选择了一扇通往重建世界的门，直接让系统升级，然后挑选23个制造的人类重建zion，预备着下一轮的升级，实现冲突的整合。而nero选择了一条拯救zion和崔妮蒂的道路，他拥有了爱。
这时matrix的八爪鱼部队开始进攻zion，制造人类开始了惨烈的抵抗，结果很显而易见，一个可以使用最简单的粘贴和复制功能的电脑，会制造出无数的怪物来，制造人类的失败是注定的。
这时候nero和崔妮蒂去人类制造场寻找matix，途中被smith感染的人类出现了。在一场激战之后，nero失去了双眼，但是视力的失去，使他明白了，自己的zion世界也是只不过是一个ai的创造而已。所以这里就可以理解为什么nero没有在ai的世界里也能杀死八爪鱼了。这里只是用了黄色和绿色来区别，ai和matrix的区别。他们都是无数二进制的代码。
nero找到了matrix，matrix答应了nero的条件，让他去除掉破坏系统平衡的smith。其实nero和smith都是一样的代码。designer在设计的时候，出现了一些数学计算上的问题，无论怎样小心翼翼的计算也不能使所有的结果满足于理论，理论和计算总是存在着一定的偏差，这里的偏差就是nero产生的根源。要使得这个正的偏差得以平衡和抵消，就要有一个负的偏差来进行中和，而这个负的偏差就是smith。两个偏差就在这里实现系统升级的过程，也是两个偏差自身灭亡的过程。