辣椒烂秆病是多种病害综合表现症状，常见的有细菌性软腐病、真菌性疫病、菌核病、灰霉病和条斑病毒病等。 这五种茎部病害是容易区别的：
首先从病斑颜色区分：
一， 疫病：病斑色深，褐或黑褐色；
植株根茎部和茎及侧枝受害，产生暗褐色条斑，边缘不明显，条斑以上的枝条和叶很快枯萎，茎基部常发生褐色软腐，有时病部产生白色霉层。
叶片上产生暗绿色圆形病斑，边缘不明显，空气潮湿时，病斑迅速扩展，病部可见到白霉，叶片部分或大部分软腐，易脱落。
果实被害，病斑呈暗绿色水渍状，软腐，边缘不明显，很快扩展到全果实，潮湿时，病果上密生灰绿色霉状，
从病斑凹与否区分:疫病微凹，
从病斑着生霉毛区分: 潮湿时生稀疏白毛,
从病斑干湿区分：开始湿后干。
疫病的关键点是：前黑、后缩、长短毛病果易受细菌二次感染，产生异臭。
发病条件;
高温高湿有利于发病，雨季或大雨过后天气突然转晴，气温急剧升高或者浇水后土壤湿度大积水，发病迅速，种植过密，透光不良，连年重茬发病重。
预防：噻法利15毫升加肥万钾辣椒专用叶面肥30毫升加水15公斤。
治疗：方案1，噻法利15毫升+烯酰吗啉
方案2，噻法利15毫升加异菌脲加肥万钾专用叶面肥。
方案3，噻法利15毫升加乙霜灵或者嘧菌酯+肥万钾辣椒专用叶面肥；
二，细菌性软腐:病斑不凹陷，病斑湿而呈脓状，主要为害果实，多发生在青果上，果实染病后果肉腐烂发臭，病果多数脱落，少数留在枝上，失水以后仅留下灰白色果皮挂在植株上，在田间低洼、钻蛀性害虫多或连阴雨天气多、湿度大易流行（备注：缺钙的时候也会造成果实腐烂）。
预防：逆生4号30毫升+细菌核弹1粒+肥万钾辣椒专用叶面肥1袋。
治疗：方案1，逆生4号40毫升+细菌核弹1粒+肥万钾辣椒专用叶面肥1袋。
方案2，逆生4号50毫升加细菌核弹两粒+肥万钾辣椒专用叶面肥1袋。
方案3，逆生4号50毫升加细菌核弹两粒加医用链霉素800万单位6瓶。