我结局都没看明白，送书人怎么死的？修格斯为什么听送书人的命令？那个叫芸芸的女孩身上有什么秘密？为什么大块头士兵会背叛店长帮送书人？那个废弃工厂是怎么回事？

如果我来编的话：
首先，第一章的微量丁兰香。作用是在最后一章那个彩色光球降临的时候，点燃吸入香气可以自由活动的秘药。而药贩子是送书人组织的成员，卖药谋取私利。这样，送书人为了自己组织的密谋不被发现，有了帮助店主的理由。
凌先做梦梦到学姐倒在血泊里，还有歧鱼母，等等的梦的片段，跟第五章也能首尾呼应。
第二章的远见学派，与送书人组织是对立的。游戏中有介绍“毕昂骥”的强大让送书人的组织也不敢随意在他们地盘上。如果让他们成功，送书人的组织会受到打击。所以也有了协助理由。
第三章的外乡人，来自海边的鱼人村落，小孩子长大了会变成鱼人的样子。改成他们的老大于兴，即大厦的拥有者，外形上看不出来是鱼人，但是实际已经被手术改成鱼人，所以支持他们的计划。同时这个外乡的组织在大肆扩大地盘。送书人组织担心“海妈妈”会对组织造成不利影响。也出手协助店长。
第四章的废弃工厂，则是店长的伙伴们误打误撞。一方面芸芸应该隶属于送书人组织，幼小的芸芸在“加入”了他们之后，伺机想与店长联络阻止送书人组织的活动。一方面碍于自己现身于书店附近，毕竟有组织的眼线。为此芸芸一直在找机会，偶然发现了废弃工厂的秘密。芸芸则利用了马戏团的猴子，一直在废弃工厂里等着店长的几位帮手，让工厂的仪器转移宿主。强行带主角一行以“精神”的形式回到过去，让被遗忘的秘密重见天日。
第五章正常来就好~
大结局，true end。一切的真相~

其实一直觉得送书人没有必要帮助店长，每次遇到危险都送来关键的书。我觉得完全可以放任不管……

第六章我是绝对会给好评的……意料之外又在情理之中…

地下工厂可能是当年的人找到了伟大种的残片复制了不稳定版本的意识穿越机器。然后被伟大种锚定为某种历史修正点。而这个点的代理人就是云云。

当年弄出来机械后与伟大种做了交易，放弃继续研发，但是保留克机器与电力供应。作为伟大种的据点。故事开始的开始的时候为了扰乱送书人，云云故意迎来克马戏团培育了怪物。作为计划甲。在失败后，启动计划乙将3人组送回过去解除被控制的老3人组。最终实现圣诞节的大诈骗。

送书人帮助店长是想要他去解决掉其他的势力，不让他们干扰自己实行计划，从鱼人村那一章说的“它就要来了”看得出其他势力是知道修格斯就要来了的，所以送书人要灭了他们不让他们干扰自己

这故事的一二三章，有这样几个作用。
1 给店长安排帮手。
2 故事慢慢铺开大背景，
第一章，描绘了一个落魄书店店长接受了一个神秘的送书人人的帮助，在第一章结尾中学姐看到送书人的惊讶，暗示了这个送书人不简单。
第二章，为“魔都潜伏了很多势力”做了铺垫，同时也引导出了神秘的DAN，但又抛出个问题：这人似乎是伙伴，但为何充满违和感？
第三章，继续为“魔都潜伏了很多势力”做铺垫，接着第二章继续引出神秘的DAN，暗示了玩家DAN和店长一行人关系很深。
同样对于跑团的人来说，其实这就是个跑个简单的模组。
从第四章开始，是整个故事的主线正式开始，之前做的铺垫是为了。
1 和之前说的一样，店长需要能出门的伙伴，去了解过去到底发生了什么。
2 让送书人利用店长打击远见学派这样的势力才援助店长提供了理由。
第四章通过一个大家变猫（也给大家科普下猫苏鲁）的故事让玩家被黑影（应该就是芸芸）引导到了工厂，通过思维转换的故事来为后文伟大种族登场做铺垫。
伟大种族不知道怎么知晓了送书人的危险计划，同时不知道出于什么目的要阻止这个计划，和芸芸进行了思维置换。在之后和送书人的对决中，店长不仅惨败，甚至赔上芸芸（我觉得还活着），对于芸芸非常喜爱的DAN决意投靠送书人，因为送书人有办法。
比惨败更惨在于，店长一行人对于当时的事没有记忆，然而店长的一系列成功的举动让送书人的计划越来越顺利，大伙还一无所知。伟大种族为了阻止这一切（这里我倾向于芸芸并非完全被占据，有自我意识。）吸引凌先一行人来到电视工厂，进行思维置换（电视工厂应该就是当时和伟大种族交易的场所），好让他们了解到过去究竟发生了什么。
但是送书人和DAN也早有准备，你伟大种族能随意超越时空，我送书人也行，于是在第五章各个地方设卡，阻止凌仙一行人通过改变过去的方式改变未来。但送书人有修格斯 星之彩等等可怕生物的帮助，店长一行人依然败下阵来。
然而也不是没有收获，至少透过芸芸和伟大种族的死命帮助（所以我一直认为芸芸并非被伟大种族完全占据），了解到了送书人的最终计划，然后抓住了送书人计划中的漏洞-召唤的是幻影并非实体，通过一种看似荒诞却又合情合理的手段挫败了送书人的计划。

话说送书人为什么不能进书店二楼呢。。这个初期设定很微妙啊。。

还有人吗？我通关至今最疑惑的点是，第五章的陆海（体育特长生）和任侠长得一模一样，而且游戏中通过任侠的视角很鲜明地阐述了这一点，两人除了发型和衣着之外，外貌面容甚至包括处事风格可谓完全相同。我当时还以为这是游戏埋的一个伏笔，结果最后压根没提到对这件事的解释。。。
此外，我第一眼看到第五章的秦若扬（学生会长）时就想，这不是剪短发的祝蔚吗？瞅瞅那眉眼，那发色，最重要的是眼角那一粒痣，简直一模一样。而且凌先也觉得这个学生会长和祝蔚的行事风格很像。我又以为一定是一个伏笔，毕竟画手有必要画两个这么相像的女性角色吗？他画什么不好，非要画两个一模一样的人来让玩家困惑？
好的，结果现在看来他还真是这么想的。

送书人的目的是用星之彩+古老永生者的能力在多个时间点引发共时性，展示神迹制造恐惧，最终让整个时间线被尤格索托斯吸收掉吧，这样一来伊斯也就没有号可以盗了，那肯定要拿上电浆枪出动，再有就是古老永生者应该类似于英雄联盟里的传送 可以在泉水、塔、眼这种固定标记点之间传送，自由性也受限的，所以不能随便跳跃。
至于前几章的作用，我倾向于认为卖药郎、学派、渔村都是信仰不同的独立势力，他们因为自身信仰不会对尤格索托斯降临产生恐惧，如果他们的势力扩大新都可能就收不到足够的恐惧来完成降神仪式了，所以送书人布置了自己的三个修格斯粘土人：店长、小猫、深红进场解决问题，然后按照剧本牵扯到了新来的凌先、左小剑、任侠三个人，送书人也按照剧本再把他们勾引到伊斯的仪器门口传回一年前补完当时的仪式，最终剧本里的演员们靠着消费主义和第四面墙解决了危机，逻辑上其实挺圆满的。