1、果袋质量问题。有些生产者为降低成本，使用劣质果袋，导致使用中途破损、果面污染（使用报纸袋、不合格粘结剂制作的果袋）、果实品质下降等问题。
2、用工量大、劳动力紧张。随着城市化进程和农民工资增加，果树栽培用工已成限制果树产业发展瓶颈。目前果实套袋绝大多数还是采用人工操作，时效性强，用工量大，成本高（套一个袋大约需0.1元左右）。因此，如何提高套袋效率是目前及需解决的问题之一。对有些水果有降低内在品质作用。套袋会降低果实含糖量，但不同树种表现不同。另外，如技术得当，可减少这些影响。
3、对苹果等树种，套袋有时会降低果实中某些矿质元素含量，如：钙、硼等。
4、减少成本，水果售卖价格低
去年在一个农场基地上农场主说，套袋是消费者逼的，不套袋品相差，不好销售。消费者追求品相，追求所谓的食品安全，不得不套袋。袋子成本，套袋人工成本，无形增加很多开支。所以平时我们吃的套袋子的水果有一部分人工成本在里边的。
5、不套袋子的水果更容易储藏。
拿柚子举例，不套袋的柚子外皮上很多都是灰尘，在雨水的冲刷下，柚子皮有水痕迹，长相不好，在市场很难卖。但这种柚子在冬天的室温下能储藏一个多月。而套袋的柚子储藏15天左右的时候，果皮明显变软，储藏时间相差近一半。
6、不套袋子的水果含糖量高，口感更好。
植物生长发育，果实的由小小一个花朵吸取土地之灵气，沐浴风霜雨露，阳光的光合作用。而套袋水果水果没有受到足够的光照，水果的含糖量自然会有所降低。