（1）沤根是大棚甜瓜幼苗死亡常见的主要原因之一。
为了避免发生沤根，苗期避免大水漫灌和阴雨天浇水，雨后及时排水，尽量不使幼苗期低温和高湿同时出现于苗床。
（2）苗期常发生的病害有猝倒病、立枯病，发病初期在根颈处发生水浸状病斑，逐渐变成黄褐色，后干枯收缩，幼苗萎蔫死亡。应及早防治病害，带药移栽。
（3）肥料烧根导致死苗。幼苗根系比较敏感，未腐熟的农家肥，特别是鸡粪，会导致作物出现烧根；施用过量肥料，导致土壤肥力过大，从而危害作物根系。
（4）温湿度、pH值不适宜导致甜瓜苗生理问题。适宜甜瓜根系的温度主要为15-20℃，湿度65%左右，pH值5.5-7.5，温湿度、pH值过低或过高都会导致死苗烂棵。
（5）种子带菌、重茬地块土壤带菌也会导致死苗。种子带菌通常会导致作物幼苗发病，进而影响作物生长发育，比如疫病、枯萎病等，导致作物幼苗死亡。
（6）嫁接接口感染导致幼苗问题。主要由疫霉、镰刀菌、细菌等感染，伤口感染后，常会导致茎基部接口处褐变，秧苗枯萎死亡。