长期熬夜对心血管的危害是最显而易见的，睡眠不足、过度劳累会使交感神经系统紧张，并导致血管收缩异常、血压升高、可的松和肾上腺素等压力激素分泌增加、糖耐量降低、心跳不规则等情况出现。这些都是导致冠心病的先兆。如果长期熬夜，则可能会由于慢性失眠剥夺促进的高血压、肥胖和糖尿病的发展而进一步诱发心脏病。
长期熬夜会导致身体免疫功能失调，我们体内的时钟是为适应时长各12小时的光-暗循环所设定的。当这一节律被打乱时，免疫系统也一并遭殃。免疫功能失调表现在肾脏上就会产生肾炎，表现在皮肤上则是红斑狼疮，表现在关节上则是类风湿性关节炎。同时，身体的免疫能力降低，会使人体处于严重的亚健康状态，感冒等呼吸道疾病、胃肠炎等消化道疾病都会找上门来。