电影中的世界即便是锡安也是在虚拟的矩阵世界内

现实世界真正的人类被AI击败后，被AI接入到AI创造的虚拟矩阵世界当中。
不过在虚拟矩阵世界当中，人类依然重复了历史，在虚拟矩阵世界中创造了AI，并再度于虚拟矩阵世界中败给AI，然后虚拟矩阵世界的AI，同样创造的一个虚拟矩阵世界，我们管这个矩阵叫第二层矩阵世界。
这种历史的重复，甚至还在进行，电影中主人公在矩阵世界的工作就是程序员,说明人类还在研发计算机技术。
所以锡安所在的世界，说是第三层矩阵，第N层矩阵都有可能。
这就解释了NEO为什么在去往机械城的路上仍然可以使用矩阵世界的超能力，引爆机械哨兵。那是因为他仍处于矩阵世界当中，只不过向上了一层。不断重复的历史使矩阵世界的营造技术上有共通之处，差别也仅仅是看到的代码颜色由绿色变为金色。
机械大帝曾经也说过，最初的矩阵是为人类设计的伊甸园世界，但是人类却灭亡了，也暗示了人类在矩阵世界中不断重复历史不断灭亡又不断寄生于更深层矩阵世界的情况。