日本的司马氏仍是直到现代还在应用的姓氏：
南北朝时期出使南朝的：司马曹达
梁朝人司马达等迁居日本，是日本佛教崇拜的祖师，司马达等和苏我马子关系密切，最早建立佛寺，支持苏我马子崇佛，他的女儿是日本女尼的祖师。司马达等曾被仇佛的物部氏打击，是鞍部村的村长（日本的村相当于中国的郡），后人用鞍部氏、安部氏。
鞍部多须弥：司马达等的儿子，和圣德太子关系密切，替圣德太子的父亲橘丰日（用明）天皇出家，圣德太子拉着他的手流泪表示愿意和他共同发扬佛法。
鞍作止利：司马达等孙，多须奈子，是著名建筑工程学家，是圣德太子的天王寺的主要建筑者，修建著名的飞鸟大佛，也受到推古天皇的尊奉，被授予大仁正三位（当时仅十二位不像后来有三十位），赐予二十町（公顷）田地。子孙开始用坂田氏。
鞍作福利：多须弥子，是日本遣唐使和遣隋使小野妹子的翻译，出使中国。
司马良作：新选组的教习，原名斯波良作，是从事文化教育的。用斯波氏。
司马江汉：日本兰学家，著名的画家。原名铃木春重，又名安藤峻。用铃木氏和安藤氏。
司马凌海：日本著名兰学家，语言学家和医学家，会六种外语，松本良顺弟子，原名岛仓伊之助。女儿司马文子就是著名日本女棋手，被称为围棋界之母的喜多文子，她是林佐野的养女，对日本女子围棋和棋院建设发挥重要作用。用岛仓氏、林氏。
司马亨太郎：司马凌海长子，是著名医学家和教育家，担任日本陆军大学教授，也担任皇室东宫御用挂，正五位。
司马辽太郎：著名的日本作家和文学家，原名福田定一。原福田氏。