太祖崩天，新帝则援遗诏止诸王奔丧，四年来建文帝暴戾成性，''曹国公李景隆以备边为名，猝至开封，围王宫，执之以归。 ……乃废橚为庶人，窜蒙化。诸子皆别徙。 '' ''夏四月，湘王柏自焚死，齐王榑，代王桂有罪，废为庶人。 ''''岷王楩有罪，废为庶人：西平侯沐晟奏楩不法，废为庶人，徙漳州'宗室诸人，人人自危。
初，张信之至燕也，与昺等同受密旨，忧惧不知所出。以告母，母大惊曰：「吾闻燕都有王气，王当为天子。汝慎勿妄举，取赤族祸也。」至是又密敕信，使执王，信见事急，三造燕邸，辞不见，乃乘妇人车径至门，固请之。王召入，信拜床下，密以情输王。王犹佯为风疾，不能言，信曰：「殿下毋尔也。臣今奉诏禽王，王果无意，当就执，如有意，幸勿诲臣。」王察其诚，下拜曰：「生我一家者，子也！」于是召僧道衍谋举兵。
王闻帝有意先诏复诏责燕王，逮至京师，戮之。燕王掷杖起曰：「我何病事始起。为若辈奸臣所逼耳，今上竟锢榑宗室，投火中死，天理容乎?」，反志益决，逐起兵，是以燕兵起，宁王闻风起事，奉天靖难事始。

燕军久驻塞北，有着长年征战的经验，兵强马壮。时狂风大作，黄尘四起，王誓师靖难，发银分派各兵增饷褒勉，而振饬各镇军心，燕师战气倍益。王披甲宣令统一中原为目标，逐挥师南下，速战速决，鼓乐而进。

燕军手下良将益朝，武德充沛

燕王朱棣威震九边，文才武略，而燕世子朱高炽也是贤明之质，在这情况下燕国上下都深信在燕王的带领下必能成就一番伟业

靖难之事一时传满天下，朝野哗然，建文帝在齐泰，黄子澄，方孝孺的怂恿下急于削藩，先后杀死宗室多人，在布置对燕王的削藩事宜时，早就布置了近四万五千大军在燕国周围，以备不虞。现在一闻靖难之事，建文帝拍案大骂道「燕贼果然反矣，先生所言不虚」，而京师(明初都城在南京)兵部马上就开始调兵转饷，妄图剿取燕军了。
靖难事起，军心不免动荡，燕王暂令军队休整恢复士气，并令在山海关，天津以及北平三处广募兵丁，以资南征。

远方的安南陈朝与暹罗国一闻燕王靖难，立时首呼大义，请求结盟效忠，王嘉其忠诚，遂许之。

休整已逾一月，明军名将耿炳文见燕军无甚动静，当机立断分兵九千围攻太原，又亲率万余军队北上进攻燕国重镇河北，然当地军民以死挡抗，明军力攻不克，只能围困城外。
此时燕军在北平已经集合了超过两万大军了，王闻讯后不敢怠慢，立时亲率两万大军南援河北。

王率兵迅捷，星夜过河间直抵河北，耿炳文部刚刚强攻不克，又无预防突袭，不虞我军骤至，仓卒拒守，全军覆没。燕王俘斩过万，耿炳文仅以身免，震动南京，建文君臣戚戚大惧，史称「河北大捷」，后世史家评此为靖难燕军战绩懋功之始。

燕王既大敗耿炳文部，遂挥师南下重镇济南，而宁王方应靖难，犹惧建文兵多地广，故仅遣手下二千兵来观望助战而已。此时明军围太原之兵已增至一万四千兵，而蒙古也乘隙来寇大同，王深知时势紧迫，故欲强攻济南之心已盛。

燕王旗帜一挥，手下诸将张玉，朱能等各麾勇士先登，众蚁附而上，不数日济南克之。又不忍百姓死伤，严令部下不得屠城，遂得百姓之心。

「不过二月之间已占济南!?」宁王闻之惶惧。于是遣使至燕营，交出兵权，王大悦，许日后加赏其封邑云云。史称「燕宁合流」，燕国得宁王麾下精骑，实力大增。但此时明军又渡海分兵攻辽，情况已相当危急了

燕王将精兵一分为二，一军名「和宁军」授大柄予骁将朱能，命其解大同太原之围。另一军名「安边」授大柄予勇帅张玉，命其星弛入辽击渡海明军。二人以战功相许，颇有要一争靖难第一功臣之势。

接下来张玉率军入辽，岂知渡海而来的竟是建文帝以及其手下京营亲兵，张玉立时进攻，可惜手下疲劳，建文帝遁返海上，逃回山东。燕王闻讯立时南下青州，扼其南逃去路，建文帝被困胶州。
而同时骁将朱能与其手下铁骑驰骋大同，率精骑左右冲击，箭如骤雨，大败鞑靼，额勒伯克汗率残兵狼狈逃回大漠，史称「大同之捷」，张玉闻之不甘，显然在军功之上朱能已胜张玉不少了

在张玉奋起直追，在铁巅斩首上千鞑靼首级的同时，燕王入胶州击明京营亲兵。
燕军列阵迎战，齐开火器，明军死者甚众，伏尸千里，建文帝率亲卫遁入水师之中，而其亲军几全溃灭，横尸遍野，丢枪炮火器甲盔兵器骡马粮草等不可胜数。朝廷伐燕之师如耿炳文，建文帝两部俱垮没，皇帝督师无能，南京军心遂丧。

朱能解大同之围后南下太原，明军闻燕师极锐，战心崩溃，一路被燕师穷追猛打，逃至商州。此时开封已聚明军约三万，商州有明军约两万，预备围堵朱能了。
而张玉则从辽回援河北，当时围河北者乃总兵华淳佑，此人意气骄盈，有轻视之志。玉师至，率精兵击之，华临战率不能执兵，一战即溃，杀伤甚众，自相蹂践。余众奔度郑州，张玉部斩首降者八千余人。
而燕王在尽灭建文帝京营后，则率师至孔子故乡曲阜，以期把他攻下得到孔氏后人，争取天下儒生的支持，另一方面也商机支援朱能部。

张玉南下直击开封明军。明军总兵施正德才望庸劣，驭军无法，玉引马鸣角，令铁骑蹙之，蹂躙厮杀，铁抢洞胸，明军溺死河者无算，斩首俘虏逾九千人。
而燕王轻而易举就攻下了曲阜，并寻到孔氏后人一人，立为衍圣公，为自己靖难造势，其后便率师南围徐州，扬州戒严。此时燕师距离南京已不足数百里，南京震动，人心浮乱。朝堂之上，建文帝不顾自己之前在胶州之败留下的箭伤，奋起对着大臣大呼小叫，一时问战守之策，一时问大将之选，齐泰，黄子澄，方孝孺等皆不能应答，文武缄言，这南京小朝廷的败亡之像似也不远了。

六月三日，张玉南下郑州追击溃兵，明军总兵张端平等力抑死战，犹大喊将士逃者悉斩，激以忠义，尚是无能为力。明军兵马疲敝，无力再战，立时遁去四方，玉斩首又几近万级矣。而朱能也配合张玉南下洛阳，与当地残兵大战。时张玉朱能骁勇善战，所向有功，威名传天下，人称「东玉西能」。

天时昏暮，燕王率军突出强攻，登城撕杀，守将失措，徐州告破，燕王安抚人心后随则南下扬州。这时候南京已经乱成一团了，百姓士绅各思奔走，多有携家离京避难，比起建文元年意气风发，一心想做圣君明主的他，朱允炆显然变得萎靡不堪，甚至已经多日未视朝了，朝中大事都由齐泰，黄子澄，方孝孺三人主持，留守的勋贵大臣将领们都开始私自投信燕王了。

张玉朱能率部会合燕王后，三军近四万靖难王师攻破南京门户扬州，直逼南京，建文帝急令水师阻碍。

时建文君臣方重野战之胜负，急募天下勤王之兵，久缺水师之饷，故燕王市恩买通水师，遂得携张玉朱能诸将强渡扬子江，进围京师，举朝震骇。而南京当时的京营早在胶州一役死亡胎尽，加之讹言四起，军士逃散，南京城外仅剩五城兵马司一千人，顷刻就被燕师所灭。
建文帝令诸王与李景隆等乘城守御，自己则深居禁中，章奏不理，方孝孺等大臣除了在城墙痛骂燕王，盡力整肴守备之外，也没有任何救时之策了。燕王围京师，知不可骤克，令射书城中趣降。
相较南京军心之萎靡不振，燕师则是秣马蓐食，俟旦毕度。不久之后，燕王亲躬督师齐攻，鏖战混杀，顺利攻陷外城，秋毫无犯，建文君臣坚守内城。

时金川之门大开，景隆与诸王「反正」，王师入内，建文帝见事不可为，以火烧毁奉天殿自焚而亡。
燕王憾动曰「痴儿，何苦如此」，以天子礼葬之。翰林院编修杨荣迎于马首，说：「殿下先谒陵乎？先即位乎？」，王默言顿悟。次日诸王及文武群臣多次上表劝进，王皆不允。
次日谒孝陵，祀地于南郊，于当日建极，即皇帝位，诏告天下，咸使闻知，封王妃徐氏为皇后，世子朱高炽为皇太子，另重建奉天殿，重刻玉玺，钦定明年为「永乐」元年，凡建文年间建言诸臣，酌量起用。
另对奉天靖难功臣将士等论功封赏，帝敕谕之曰「朕举兵靖难，尔辈多立功，朕未尝忘其赏典，朱能封成国公，玉封英国公，其余者追随帝奉天靖难皆有大功，各授功侯伯不等，皆授其丹书铁券，世袭永封。随行征讨军士久效勤劳，各速加恤录。」

新帝即位，万象更新，廓清垢氛兴建废坠，五礼式叙百度惟贞，重昭日月于四海，和人康边圉宁泰。历史将写下新的一页。

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