这个问题网络上争论很大，简单来说：大家都知道，在宋时玉皇上帝与昊天上帝的神格就合一了，但之后的朝代是将两者分开祭祀的，比如天坛祭祀昊天上帝（或称皇天上帝），而在别处供奉玉皇（如：明清皇帝除了在天坛祭祀天外，北京紫禁城（故宫）内“玄穹宝殿”亦专门祀奉玉皇上帝，据清《国朝宫史》记载：“天穹宝殿，祀昊天上帝”，清《天穹宝殿档案》记载：“天穹宝殿内阁上供玉帝一尊，金胎，手执玉圭从神十四位，铜镀金胎。”，从上远近景正面侧面相片可见仙楼龛内所供玉皇上帝金像前立“玉皇高上帝赦罪大天尊之位”神位。），这就给人一种认识，认为玉皇上帝与昊天上帝不是一尊神。
其实，天还是那个天。据可考的文字证明，中华先民在殷商之际就有天帝崇拜，那时神道和人道（儒）是合一的，如黄帝即是人间帝王，也是道教始祖，不存在区分问题。但随着历史的变迁，儒、道思想的分化，朝廷以儒教治天下，理所当然祭祀的是儒教的“天”——昊天上帝。
从道教来看，其实是道在运行和演化中的正常现象，体现出道的阴阳两面性，在儒曰昊天上帝（阴）、在道曰玉皇上帝（阳），本体一也。再深入点说，玉皇上帝即是道的人格化，而昊天上帝是玉皇的一个化身或者下属。
如《皇经》云：尔时昊天上帝，闻说经法，从座而起，长跪帝前，白言玉帝，愿为大众及诸人天持是经人，说利益事。尔时玉皇尊帝与方便意，开利益门，宣玉匮科，传灵宝法，告于昊天上帝言：“汝今谛听，当为汝说受持功德。扶危拔苦，利益存亡，神妙之事。 ”众真稽首，俱发声言：“ 第子等今日幸闻湛然常住之法，莫不上福三界诸天，下消三涂毒害。惟愿慈悲愍臣等，故演斯妙义。 ”
可见，阳统阴，昊天玉皇上帝的神格是高于和包涵昊天上帝的功德和职能的。随着时代的变迁，儒教的没落，作为炎黄子孙，我们应该视二圣尊为一圣，少一些不必要的争执，这更有利于传统文化的传承和保护！