此路不通—— 利用核酸适配体结构变化来检测新冠状病毒N蛋白
【更新】2020.03.23 廖老师说他的分子信标实验可以实验，目前在优化。（看来我觉得不行，是自己太弱。不过廖老师的实验还有待继续验证和优化。有进展再更新。）
以下是原始文件。
核酸适配体之所以受到大家的关注，有它独特的魅力。可以设计成分子信标，实现一步均相检测。这种方法对于使用来说，超级简单。它可以实现一个完全的均相检测，不需要加入其它的东西，可以使检测方法最简化。
分子信标的一些设计思路
图片来源
所以，我们的核酸适配体信息发布之后，有老师在尝试这样的方法来做检测，我们自己也进行了一些尝试。下面分析一下N蛋白适配体针对这种分析方法可能存在的问题和挑战。
一、核酸适配体的结合性能取决于它结构折叠
我在前面曾经多次说到核酸适配体，它的结合性能取决于它结构折叠的稳定性，如果这个核酸适配体它的折叠比较稳定的话，那么它的性质相对来说也会比较稳定。所以我们在做N蛋白核酸适配体筛选的时候，特意把N蛋白这个核酸适配体设计成末端匹配的这样一个结构。也就是一个闭环的结构。大家在分析序列的时候，可能会发现N蛋白的核酸适配体它的末端可以匹配起来，形成完整的双链，这个其实就想模拟抗体的那个重链的那种结构，用来稳定前端的可变区。
二、末端匹配的这种闭环设计，在稳定核酸适配体的结构方面是非常有效的一种方法。但是这种设计对于想实现结构转换来做靶标检测又是一个不利的因素。
原因是这种末端匹配的结构，它的稳定性非常高，你要想用另外一条互补链给它打开就非常的困难，你需要设计很长的互补链，才可能能把它打开，至少基于我们有限的经验是这样的。但问题是，如果你使用太长的匹配链去打开这个结构的话，靶标又无法与互补链竞争结合。导致无法把匹配链竞争掉，这样的话就无法产生一个荧光信号的变化。所以我们在全长基础之上，想设计结构变化策略来做检测的方案遇到了很大的困难。
如果有其他老师也在做类似的工作的话，欢迎一起分享和讨论一下。当然，如果说有人已经成功的实现了这种方法，我也希望能够分享一下经验，哪怕只是分享一下可以的，还是不可以，都可以减少大家的摸索。
三、我们想到的策略
基于以上的实验结果和思考，所以我们又对N蛋白的核酸适配体做了一些截短尝试。目前已经获得了截短的适配体，并且竞争力还不错。
目前正在做进一步的验证当中，在没有测试清楚之前，我们一般不会把系列公布出来。但是，如果有做相关实验的老师，欢迎大家一起合作，我们可以将信息共享给合作者。
特别说明：
我们做分子信标的经验非常有限，这里有用的信息可能就是这个结构比较稳定，难以打开。我们已有截短适配体。
能否做出分子信标，还需要研究者具体设计。欢迎交流。
我们也拿到了S蛋白的适配体，详情关注：
https://www.aptamy.com/productinfo/1448776.html
【更新】2020.03.23 廖老师说他的分子信标实验可以实验，目前在优化。（看来我觉得不行，是自己太弱。不过廖老师的实验还有待继续验证和优化。有进展再更新。）
以下是原始文件。
核酸适配体之所以受到大家的关注，有它独特的魅力。可以设计成分子信标，实现一步均相检测。这种方法对于使用来说，超级简单。它可以实现一个完全的均相检测，不需要加入其它的东西，可以使检测方法最简化。
分子信标的一些设计思路图片来源
所以，我们的核酸适配体信息发布之后，有老师在尝试这样的方法来做检测，我们自己也进行了一些尝试。下面分析一下N蛋白适配体针对这种分析方法可能存在的问题和挑战。
一、核酸适配体的结合性能取决于它结构折叠
我在前面曾经多次说到核酸适配体，它的结合性能取决于它结构折叠的稳定性，如果这个核酸适配体它的折叠比较稳定的话，那么它的性质相对来说也会比较稳定。所以我们在做N蛋白核酸适配体筛选的时候，特意把N蛋白这个核酸适配体设计成末端匹配的这样一个结构。也就是一个闭环的结构。大家在分析序列的时候，可能会发现N蛋白的核酸适配体它的末端可以匹配起来，形成完整的双链，这个其实就想模拟抗体的那个重链的那种结构，用来稳定前端的可变区。
二、末端匹配的这种闭环设计，在稳定核酸适配体的结构方面是非常有效的一种方法。但是这种设计对于想实现结构转换来做靶标检测又是一个不利的因素。
原因是这种末端匹配的结构，它的稳定性非常高，你要想用另外一条互补链给它打开就非常的困难，你需要设计很长的互补链，才可能能把它打开，至少基于我们有限的经验是这样的。但问题是，如果你使用太长的匹配链去打开这个结构的话，靶标又无法与互补链竞争结合。导致无法把匹配链竞争掉，这样的话就无法产生一个荧光信号的变化。所以我们在全长基础之上，想设计结构变化策略来做检测的方案遇到了很大的困难。
如果有其他老师也在做类似的工作的话，欢迎一起分享和讨论一下。当然，如果说有人已经成功的实现了这种方法，我也希望能够分享一下经验，哪怕只是分享一下可以的，还是不可以，都可以减少大家的摸索。
三、我们想到的策略
基于以上的实验结果和思考，所以我们又对N蛋白的核酸适配体做了一些截短尝试。目前已经获得了截短的适配体，并且竞争力还不错。
目前正在做进一步的验证当中，在没有测试清楚之前，我们一般不会把系列公布出来。但是，如果有做相关实验的老师，欢迎大家一起合作，我们可以将信息共享给合作者。
特别说明：
我们做分子信标的经验非常有限，这里有用的信息可能就是这个结构比较稳定，难以打开。我们已有截短适配体。
能否做出分子信标，还需要研究者具体设计。欢迎交流。
我们也拿到了S蛋白的适配体，详情关注：
https://www.aptamy.com/productinfo/1448776.html
