我大概推理出柯南整个故事的由来了——a药是贯穿整个故事的线索。
灰原父母研究出成熟的旧a药，贝姐若狭包括幕后boss服用后停止衰老。但是这个东西可能只能服用一次或者有时间限制或者第二次服用会因为产生抗体效果变差，所以灰原父母继续研究，第二种有效停止衰老的药物和方法。
不幸发生火灾，双双死亡，组织培养灰原继续研究。灰原拿到余下的资料，研究出了新a药。这个新a药在组织看来是个失败品，药效致死率极高，所以被组织拿去当杀人手段使用了。后来组织巧合中发现新a药居然有极小概率能使人变小，所以说某种程度上灰原是成功了的。
第一个出场的服过药的贝姐活了很久很久，可能活烦了或者别的原因，产生对组织的厌恶，产生对a药的厌恶。她想干掉灰原，停止这种罪恶的研究，数次被柯南保下。
又过了不久(因为柯南总共才过了半年，我也不知道多久)，boss可能身体出现状况，可能年老体衰或者多次服用药物产生抗体，导致旧a药有效期变短了。组织慌了，这次是真的慌了。接下来，若狭，黑田，厨师纷纷出动。但是这三者里，只有若狭出场就是直奔柯南来的。黑田有别的目的，在案件中碰巧遇到柯南小五郎，柯南才引起他的关注，厨师则是一直盯着小五郎或者波本。
若狭，一个很明显也服用过成熟a药的人，此次出场目标直指柯南(此时组织和红方大多数人得到的情报都是雪莉已在列车上被炸死)，为了确认柯南是不是变小的工藤新一。若狭同时认出灰原却并不伤害他们。因为，这两个人是绝佳的新a药效果的小白鼠，对应以前的伏笔。所以若狭一个组织核心人员，化身老师天天观察这两个小学生，观察这两只小白鼠，观察新a药效果和是不是有副作用。某种程度上，这也是在保护这两只小白鼠，因为这是新a药极少的成功案例。甚至后面，可能还要把灰原抓回去继续研究新a药，如何效果变得更稳定。
以上基本就是柯南的历史背景设定，大部分是分析出来的，小部分是脑洞。有不合理的地方欢迎指出。分析不一一写了，多数凭借记忆推理的，你要我回去翻书太难为我了。