金鱼中最为常见的疾病，发病率高、传染快、死亡率高、治疗也比较困难。不论鱼种或成鱼阶段均可发生。该病一般在水温 15 ℃ 以上时开始发生，在 15 -30 ℃ 范围内，水温越高越易暴发流行。由于致病菌的宿主范围很广，野杂鱼类也可感染，因此，容易传染和蔓延。
1．寄生虫烂鳃病：其病原体是指环虫、车轮虫和粘孢子虫，病鱼表现为鳃部明显浮肿，鳃盖张开困难，严重时，鳃丝局部溃烂，以至鳃软骨外露，鱼体呼吸困难，最终死亡。
防治方法：可选用“阿维菌素（200毫升：0.8克）”，每亩水深1米，用该药12～14毫升，用50千克水稀释后全池均匀泼洒，连用2天。也可选用晶体敌百虫0.5～0.8克，放在10千克水中，浸洗病鱼10～15分钟。
2．细菌性烂鳃病：其病原体是水霉菌或粘液球菌。病鱼表现为鳃丝严重失血，鳃丝发白，严重时有絮状菌丝粘附，死亡率极高。
(1)利用黏细菌耐盐能力较差的弱点，在每5千克水中投放食盐50—100克，浴洗病鱼5—15分钟。
(2)在每5千克水中溶呋喃西林或痢特灵片0．1—0，2克，将病鱼浴洗10—20分钟，或用映喃西林或痢特灵全池(缸)泼洒，浸洗数天，更换新水(用药比例为2毫克/升)。
(3)可任意选用卡那霉素、庆大霉素、青霉素、链霉素、金霉素中的任何一种抗菌素溶于池(缸)中，用药量为每50千克水中投卡那霉素100万一150万单位；或庆大霉素16万单位；或青霉素80万一120万单位；或链霉素1克；或金霉素3—5克，还可用上述药液以注射器直接喷洗鳃片，效果也较显著。
细菌性和寄生虫烂鳃病在前期无法通过肉眼观察区别，只能通过显微镜进行镜检区别