根据达尔文的观点，在各种不同的变态器官中，那些来源不同，但功能相同，形态结构相似的变态器官，称为同功器官（analogous organ），如茎刺、叶刺与皮刺，它们分别来源于茎和叶，均呈刺状，是具有保护功能的变态器官；块根与块茎，分别来源于不定根和地下茎，呈团块状或球块状，是兼有储藏和繁殖功能的变态器官；而茎卷须与叶卷须，分别来源于茎和叶，呈细丝状，是以攀缘生长、获取更多生活资源的变态器官。此外，凡是来源相同，功能不同，形态结构不同的变态器官称为同源器官(homologous organ)，如叶卷须、鳞叶与叶刺等，它们均由叶变态而成，但其形态结构和功能均不同，它们分别呈丝状、攀缘作用，呈鳞片状、储藏作用，呈针刺状、保护作用；根状茎、块茎、鳞茎、茎刺等也是同源器官，它们均来源于茎，但其形态结构和功能均不同。
     在植物进化过程中，植物营养器官的变态，可朝着同功或同源两个方向发展。来源不同的器官，因长期适应某种环境、产生相似的形态结构和相应的生理功能，而逐渐发生同功变态；来源相同的器官，因长期适应不同环境、产生不同的形态结构和生理功能，而逐渐发生同源变态。同源器官在遗传机制上具有相似性，因而以同源器官为研究对象，研究变态发生的分子机制，对研究物种的起源与进化、改造并创造植物新器官及新种质有重要的理论指导意义。