在申报国家高新技术认定工作当中出现的问题大致可以总结以下两类：
一、主观存在的问题，就是企业人员造成的问题。
1.不理解、不清楚新政策。不少企业没有关注新的国家高新技术企业认定工作指引，对于新的管理办法不太了解，在准备资料的过程中，仍然按照往年的思路进行，结果资料不完备，从而导致无法通过认定。
2.不重视本次认定。部分企业员工受了一些培训机构的讲解后，认为资料准备相对简单，没有系统的安排重新认定的准备工作、投入足够的人力，结果认定准备混乱，资料无法体现企业材高新资质，最终也无法通过认定。
3.企业内部工作不能够协调。国家高新技术企业认定工作涉及财务、技术、人力等诸多部门，由于事前未能统一理解高新认定的新标准，导致部门配合不协调，资料准备不一致，拖延了申报高新技术企业的过程、甚至无法完成年度的申报。认定高新技术企业要先了解企业情况!

二、客观上存在的问题，就是企业自身资质问题。
客观问题可以从高新技术企业申报条件和四个评分项来总结：
(一)技术性指标不达标
1.高新领域无法界定。
由于此次高新领域的调整，原有的部分领域被删除或简化，同时新的领域在某些部分存在含糊，规定甚为笼统。因此不少企业无法找到完全贴合企业产品或高新技术的领域，从而导致企业在申报高新技术企业认定时出现领域选择不准确而无法通过评审的情况。
2.核心自主知识产权缺乏。
由于中国专利保护力度仍然在完善当中，当企业拥有了行业领先的技术后，一般不太愿意进行公开专利申请。这就导致很多企业虽然具有符合高新领域的技术或产品，其相应的技术等也的确达到国内甚至国际领先水平，但囿于专利申请的限制，依然无法达到申报高新技术企业认定的要求。
3.项目归集困难。