根据中国铁路总公司和上海市人民政府《关于新建上海至南通铁路太仓至四团段吴淞口长江隧道越江段及外高桥集装箱作业站站前工程初步设计的批复》，为提高铁路运营组织效率，外高桥集装箱站机务折返段由四团端调整至太仓端，同时，车站内总平面布局深化调整优化。为确保工程实施，优化调整相关河道蓝线、电力黄线。
沪通铁路正线向北调整约5米；机务折返段由四团端调整至太仓端；增加1条到发线（兼调车线）；深化维修工区平面布局；取消客站原预留的基本站台与中间站；为降低车站整体标高，凌海路与铁路交叉处局部下挖，在凌海路道路红线内增加一处公路泵房。
调整前后，沪通铁路二期外高桥集装箱站车站及附属设施规划控制用地面积保持不变，均为71.0公顷（含两端咽喉区用地）。
另外，结合浦东新区河道蓝线规划、沪通铁路规划蓝线调整方案和沪通铁路二期外高桥集装箱站车站初步设计方案，对车站范围涉及的河道蓝线进行调整，调整前后河道蓝线水域面积保持不变。为确保铁路设施与电力线路预留足够的安全距离，将现状G1503/S20南侧、凌海路西侧的500千伏电力架空线调整至G1503/S20北侧，并对电力架空线的几座转角铁塔位置进行调整，调整范围全长约3.1公里。