最强的改造人本乡猛在第三东京市战争中把修卡给击败因涉嫌杀害立花博士而坐了牢。
在第三东京市战争后14年因为立花博士反叛而放出驾驶机械哥斯拉与立花博士交战。
在立花研究所前，是三式机龙军团，在与立花博士交战时，假面骑士重新聚集。
在一个神秘男子出现后三式机龙竟然开始了合体！
由无数三式机龙合体成的新哥斯拉一形出现在了假面骑士的面前，同时修卡再度出现，他们的目地是新哥斯拉！
在假面骑士拿到了立花博士所留下的新奥特曼后联邦军为了消失新哥斯拉而发射了螺旋光子力导弹！
由于V3受伤，假面骑士只能与神秘男子—神敬介一起驾驶新奥特曼去阻止螺旋光子力导弹。