在客户拒绝付款之后，如果银行接受，将买方持卡人扣除的一部分款项退还给买方持卡人；如果电商不同意，将有一个交易调单需要处理，银行将直接要求电商提交交易证据，交易证据将被转发给买方持卡人。如果买方持卡人不同意，他仍将拒绝付款。这时如果电商拒绝接受，他可以申请第三方仲裁，仲裁机构将决定谁是合理的。如果第三方仲裁机构的结构是买方持卡人败诉，在此仲裁过程中才生的所有费用将由买方持卡人自行承担，同时银行还将在买方持卡人的信用记录上留下污点记录，这将对买方持卡人未来的贷款、购房、购车、医疗保健和工作产生直接和终身影响。
但是如果商品被拒付的额原因是未经持卡人授权的一方使用持卡人信用卡对商品进行了消费，例如盗刷或者同一商户、同一支付终端、同一商品进行了多次同卡支付，发卡行有权对该交易进行拒付，相关的损失将由商户自行承担，所以商户在信用卡收款时一定要特别注意验证持卡人是否使用的是本人的信用卡，并且要仔细验明银行卡个人信息的真伪，如果电商发现信用卡的消费者使用的信用卡上没有本人签名，或者对信用卡有任何疑问都可以电话咨询发卡行或者要求信用卡的消费者换一张本人银行卡，避免给商户造成损失，当然现在的很多商户都接入了第三方支付通道，例如上海赢支付（17302166081），那么类似这样的订单考验的则是支付公司的风控能力，一般类似此类订单，交易都会以失败处理，如有特殊需要，则需要持卡人要求发卡行再次授权即可交易成功。
另外，电商的收款小票一定要保管180以上，避免银行调单，如果银行调单是商户未能提供有效交易凭证，没有签购单或者签购单上没有签名、签名不符；或者商户超过规定期限未能提供有效凭证，发卡行也有权对该交易拒付，相关损失同时将由商户承担。