乾隆三十七年(1771年),以领队大臣参加大小金川之战,历时五年,率兵逾沟攀崖,冒雨雪出击,协同诸军攻克宜喜、勒乌围、噶尔崖等要隘寨堡。乾隆四十一年(1776年),金川平。
乾隆四十九(1784年)年,跟从将军阿桂率兵镇压甘肃回民田五起义,与参赞大臣海兰察会兵伏击,俘获义军首领张文庆。
乾隆五十二年(1787年),偕海兰察督兵赴台湾镇压林爽文起义,俘首领林爽文、庄大田。
乾隆五十六年(1790年),受命筹划集师抗击进攻西藏的廓尔喀(今尼泊尔)军。次年(1791年)二月,授大将军衔,率师出青海,行40日至前藏。会诸路兵万余人,以分路进攻、伏击等战法连败廓尔喀军,收复要隘济咙等被占藏地。继督兵追击,深入廓境,六战皆捷,迫廓尔喀言和。被授武英殿大学士。
乾隆六十年(1795年),福康安统兵数万镇压湘黔石柳邓与吴八月起义。