这种情况怎么说（）选取其中一部分删除就会这样（）

试了下 类似的图，在一张图层上有很多透明的部分，然后用裁切工具来回裁切，没发生这个问题。
你可以试试在设置里把“平铺缓存大小”“最大撤销内存”“最大新建图像”都改的大一点，再试试。或者先画好选区，再用“图像->裁切到选区”这个功能试试，一样的效果的。