四十年前的一九三零年，地球防卫军的岩本博士和一批科学家发现来自外太空的杰顿星人正对地球虎视眈眈，他们推断出杰顿星人拥有超乎想象的科学力。
为了与之抗衡，世界格局悄悄在世人不知道的情况下变动，两个超级大国之间明面上制造明争暗斗的ice war假象，背地里也筹划着应对外太空的敌人。其中鹰派主导，以地球防卫军为基础，有着超武装的科学特搜队诞生了。
科学特搜队是本部设立在巴黎的国际科学警察。可以对外公布的信息中提到他们是应对怪异事件，打倒外来侵略者的组织。鲜有人知其设立的另一层秘密。
蓄谋已久的杰顿星人于一九六六年七月十七日放出宇宙恶魔百慕拉，不料来自M78星云光之国的奥特曼及时堵截百慕拉，交战后百慕拉不敌，一路被奥特曼追至地球。途径日本的龙森湖，其宇宙船与科学特搜队日本分部的早田队员的小型威托相撞，百慕拉趁机躲进了龙森湖中。为了弥补早田，奥特曼将自己的生命与其合一，只要使用β传感器，他们就能携手为了保卫地球的和平而战。
原本以为早田失事的众队员虽然不知道背后真相，但看到早田平安回来依然大喜，同样他们也要对付突然造访的天外来客，在一场激烈的大战后，早田变身为奥特曼，在短短的三分钟活动时间里打败了百慕拉。
但是杰顿星人的阴谋不止于此，百慕拉扰乱了地球原本的平衡，唤醒了过去沉睡在地底下，被认为不可能苏醒的地球怪兽们，它们像自然灾害一样蹂躏着渺小的人类。其中包括但不限于:贪婪吸食电力的内隆嘎；平衡破碎后苏醒的雷德王一众；沉睡千年的木乃伊怪人；古代被封印的巴尼拉和阿勃拉斯；因为环境恶化报复人类的赞勃拉。
同时，地球也因杰顿星人吸引了众多外星生物或是文明的造访。无家可归的巴尔坦星人被其蛊惑后来到地球；使用宇宙射线把孩子画的怪兽实体化；引诱四次元怪兽布鲁顿突袭地球把生态平衡搅得支离破碎；他们的盟友扎拉布星人也以奥特曼和人类之间的信任做文章；另一盟友美菲拉斯星人也曾想诱惑地球人自己放弃地球等等，无所不用其极。难以想象的是，他们对地球内部渗透甚至到了能串通地底人和植物人类凯洛尼亚的武装势力屠杀地面人的程度。
辛苦战斗的几年里，打败怪兽似乎成了理所当然的事情，在这期间里，机会不会有人想过杰顿星人的目的，直到有一天，杰顿星人玩起了心理战——
宇宙中有一个专门安放怪兽魂灵的怪兽墓场，一直是宇宙的禁地，其中就有被奥特曼与科学特搜队打败的怪兽们。这天队里的伊初和岚队员在外太空执行“回收中途失去能量无法返航的调查杰顿星人的人造卫星”任务时，“意外”进入怪兽墓场，耳边怪兽哀嚎令他们深感震憾，眼前怪兽乱舞冲击他们灵魂。他们将这一切录下，返航后便茶饭不思，其余众人也被录像影响，开始怀疑过于战斗的意义。甚至为怪兽们举办一场佛教意味的超度仪式。
奥特曼与早田虽不被录像影响，但也开始思考起自己执行的“正义”。